В то время как иракские баасисты и их соратники в Сирии настаивали на быстром слиянии с Египтом, считая это важным шагом на пути к конечному объединению «Арабской нации», Касем яростно выступал против такого объединения. Его позиция была прежде всего прагматичной. Он не хотел превращать Ирак в еще одну часть большого государства под владычеством Египта, подчинившись Насеру, которого он не любил и боялся. Он также предвидел, что этот союз укрепит положение второго человека в государстве, полковника Абдель Салам Арефа, стремившегося к руководству страной. Его опасения были абсолютно оправданы. На встрече с Насером в Дамаске через неделю после июльского переворота 1958 года Ареф пообещал Насеру, что Ирак скоро присоединится к ОАР и что Касем будет смещен со своего поста. Сведения об этом разговоре вскоре стали известны Касему. Стремясь укрепить свои позиции и устранить угрозу своему лидерству, Касем быстро расправился с «юнионистами» (сторонниками союза). Ареф и Рашид Али аль-Кайлани, ветеран арабского национализма и бывший премьер-министр, были отданы под суд и приговорены к смерти (их приговоры были позже изменены на пожизненное заключение). Одновременно, в результате их поддержки союза, партия Баас быстро потеряла недавно приобретенное влияние на военные и политические организации, а многие из членов партии были брошены в переполненные узниками тюрьмы. В борьбе против «юнионистов» Касем решил опереться на коммунистов. В отчаянной попытке сдержать нарастающее влияние левых сил в марте 1959 г. арабские офицеры-националисты, не принадлежащие к Баас, подняли неудачное восстание в северном городе Мосул. Возмездие Касема было мгновенным и ужасным. Последовал один из самых кровавых эпизодов в современной политической истории Ирака. Коммунистическим боевикам предоставили свободу действий в Мосуле, чтобы они смогли всласть отомстить. Последовали изнасилования, убийства, грабежи, групповые суды и казни в присутствии ликующих толп. Жизни лишились сотни людей, в большинстве арабские националисты.
Ужасы бойни в Мосуле заставили Баас уйти в подполье. Теперь они были уверены, что для спасения Ирака следует убить Касема. Несмотря на прогрессирующее ухудшение отношений Касема с коммунистами вследствие еще одной бойни, устроенной теми в Киркуке, решение баасистов осталось неизменным. В начале вечера 7 октября 1959 года группа молодых активистов Баас, включая Саддама, устроила засаду на машину Касема, ехавшего домой, и обстреляла его с близкого расстояния. Раненый, едва избежавший смерти, потрясенный диктатор буквально с больничной койки приказал запретить партию Баас по всему Ираку. Хотя последующая чистка жестоко подорвала партийную организацию и пресекла ее деятельность, вызывающее поведение многих баасистов на открытых судебных процессах обратило на них внимание всей страны и принесло все еще небольшой партии повсеместное признание и уважение.
Неудачная попытка убийства Касема стала важной вехой в истории иракской партии Баас и в жизни Саддама Хусейна. Неожиданно он выбился из полной безвестности и стал одним из самых нужных людей в стране. Рассказывали фантастическую историю, приукрашивающую его роль в покушении на Касема. Саддам, юный идеалист, ждет ненавистного диктатора с пистолетом в руке, готовый принести себя в жертву ради общенародного дела. Скрывающемуся раненому революционеру отказывают в медицинской помощи. Тогда он бестрепетно извлекает с помощью ножа пулю из тела и мчится на своем скакуне через пустыню, хитроумно избегая бесчисленные военные патрули, преследующие его по пятам. Отважный воин-беглец уплывает к свободе по ледяным водам Тигра, зажав нож в тесно стиснутых зубах. Покушение на Касема и последующее бегство стало важным элементом в легенде иракского президента – она была восславлена в многочисленных публикациях, телевизионных программах и даже в кино. Легенда эта воспевает черты типичного национального героя: патриотизм, бесстрашие, железную волю.