В течение двух недель португальцы обстреливали город, совершали налеты на прилегающие к мосту улицы, жители которых даже под страхом голодной смерти не решались выйти из дому. К д'Албукерки потянулись делегации купцов многонационального города — просить милости в ожидании неминуемого грабежа. Такую милость д'Албукерки даровал немусульманам — бирманцам, сиамцам. Получил гарантии неприкосновенности и Утимутираджа.
С утра 24 августа город был отдан на разграбление португальской солдатне «в вознаграждение за труды». Шестью колоннами двинулись португальцы по улицам города, убивая встречных жителей-мусульман без различия пола и возраста. «Все мавры, и женщины и дети, были убиты, ибо им не давали никакой пощады». Вслед за тем в город были отпущены для грабежа вначале моряки, а затем остальные португальцы. Вся «операция» заняла один день.
К вечеру награбленная добыча была сложена у дома, где расположился д'Албукерки. Адмирал не взял себе ни золотых сосудов, ни слитков золота, ни драгоценных камней: лишь шесть бронзовых львов из султанского дворца на свою будущую могилу, чтобы потомки помнили, кто победил Малакку. Но хранители султанов Малакки — бронзовые львы — не украсили могилу завоевателя: на обратном пути «Флор дель мар», на котором везли добычу, затонул, а львы вместе с другими сокровищами по сей день лежат на дне моря близ северных берегов Суматры.
Махмуд бежал, увозя с собой раненого Ахмада. По дороге последний умер; говорили, что его отравил отец, боявшийся популярности принца, особенно возросшей в дни обороны Малакки. Вместе с Махмудом бежали почти все сановники султана.
Братья д'Андраде с яванскими наемниками, перешедшими на службу к португальцам, разбили Махмуда на реке Муар, неподалеку от Малакки, после чего тот бежал еще дальше — вначале в Паханг, а затем на юг, в Джохор.
Не теряя времени д'Албукерки приступил к постройке форта — форта, который один мог спасти горстку португальцев в море враждебных государств. И те только спасти, но и помочь утвердить господство Португалии на старинном торговом пути через Малаккский пролив, стать базой для флота, для дальнейшего продвижения к заветной цели — Островам Пряностей.
В разоренном городе не хватало рабочих рук, и д'Албукерки отправил своих солдат в окрестности для поимки бежавших жителей. Их заковывали в цепи и гнали в Малакку. Вместе с уцелевшими рабами султана они под надзором португальцев строили крепость, которая должна была закрепить господство чужеземцев в их стране.
В городе (точнее, в руинах его) не было камня, даже дворцы были построены из дерева. Камень нашелся на кладбище, где были похоронены султаны Малакки и их родственники, а также в мечетях. Д'Албукерки снял все надгробия и построил из них крепостную стену.
Не только в строительстве форта видел д'Албукерки путь к процветанию — теперь уже португальской — Малакки. Малакка должна сохранить свое значение крупнейшего порта в малайском мире для процветания Португалии и умножения ее богатств. И д'Албукерки всячески подчеркивает свое расположение к яванским и индусским купцам, оставшимся в городе, посылает посольства в Сиам и Китай с уверениями в дружественных намерениях португальцев. Религиозное рвение адмирала отступает перед соображениями коммерческого и тактического порядка — необходимо было заручиться союзниками, Д'Албукерки радушно принимает посланцев султана Кампара — бывшего вассала Малакки.
Затем д'Албукерки посылает три корабля во главе с Антониу д'Абреу и Франсишку Серрано к Молуккам, до которых теперь рукой подать: ведь ключ к сокровищнице у португальцев. Эта экспедиция открыла новую страницу в истории путешествий и завоеваний XV–XVI веков. Страницу более значительную, чем все то, что ей предшествовало. Ибо экспедиция д'Абреу, потерявшего два из трех своих кораблей, была прологом к путешествию Магеллана. Франсишку Серрано, потерпевший кораблекрушение близ Амбона и оставшийся на этом острове, в письмах Магеллану подал последнему мысль направиться к Островам Пряностей с запада, а не с востока.
Но главная забота д'Албукерки — закончить форт и вернуться в Индию, откуда доходят тревожные вести.
Неспокойно в Малакке и вокруг города. Султан Махмуд и его младший сын Алауддин, обосновавшиеся на юге полуострова, продолжают борьбу с португальцами. Яванские купцы и их глава Утимутираджа недовольны проводимой португальцами политикой ущемления мусульманского купечества. Малайское население готово поддержать любое выступление против ненавистных пришельцев.