«…Совершенно неожиданно Президиум… постановил перевести ядерную группу ЛФТИ в Москву, прекратить строительство циклотрона в Ленинграде и осуществить его в Москве нашими же силами и по нашему же проекту… Постановление было вынесено в момент, когда работы по стройке циклотрона в Ленинграде начали разворачиваться, когда уже были заключены договора с некоторыми заводами и строительной организацией. Очевидно, что оно дезориентировало НКМ и всех работников циклотрона. В результате НКМ и Госплан сняли с 1939 г. строительство циклотрона и, таким образом, дело повисло в воздухе…» (цитир. по примечаниям к документу № 11 [Там же. С. 45]).
Хотя 5 февраля 1939 г. Экономсовет при СНК направил копию этого письма в Президиум АН СССР, последний не изменил своего решения.
За письмом СНК от 15 мая последовало письмо СНК от 16 мая, в котором Совнарком оставлял на усмотрение Академии наук вопрос о месте строительства циклотрона и соответствующих размерах финансирования [Там же]. Поэтому секретарь Комиссии по атомному ядру В. И. Векслер не позднее 21 мая 1939 г. обратился к вице-президенту АН СССР О. Ю. Шмидту с просьбой принять его, чтобы обсудить возникшее конфликтное положение:
«Сегодня мне стало известно, что существует проект Госплана, согласно которому в 1939 г. Академия наук отпускает Физико-техническому институту 370 тыс. рублей на строительство второго циклотрона в Ленинграде… Я очень хотел бы хоть пять минут поговорить с Вами по этому вопросу… Президиум АН СССР уже дважды рассматривал вопрос о строительстве второго циклотрона и, несмотря на протесты академика Иоффе, принял резолюцию о необходимости построить циклотрон в Москве, а не в Ленинграде. Я хотел бы до решения вопроса о циклотроне информировать Вас о тех мотивах, по которым мы (коммунисты-физики) считаем недопустимым строительство второго циклотрона в Ленинграде» [Там же. С. 62].
В архиве РАН сохранилась стенограмма расширенного заседания Бюро Отделения физико-математических наук о результатах обследования УФТИ и организации работ по ядру, состоявшегося 26 мая 1939 г. [Там же. С. 63—71]. Председательствовал С. И. Вавилов. Доклад об УФТИ делал А. И. Алиханов (двумя другими членами комиссии по УФТИ были Д. В. Скобельцын и Б. М. Вул). Работы и состояние материальной базы УФТИ в области физики атомного ядра комиссия оценила весьма высоко. После этого рассматривался основной вопрос «О работе по атомному ядру в АН». Вавилов напомнил о решении СНК, «по которому разрешается сосредоточить работы по исследованию атомного ядра в АН СССР» и добавил: «…Хотя, в сущности это является уже тавтологией после того, как все институты передаются Академии» [Там же. C. 66]. Затем слово получил А. Ф. Иоффе, который рассказал о состоянии дел по циклотрону ЛФТИ, в частности в отношении финансирования, и о том, что к ноябрю 1939 г. циклотрон может быть готов.
Описывая предшествовавшую циклотронную тяжбу, Вавилов напомнил, что «предполагалось строительство циклотрона начать в Москве» и что «временно же, пока в Москве нельзя полным ходом развернуть работы, изыскать помещение в Ленинграде, чтобы там можно было собрать циклотрон и им пользоваться».