В коллективном письме, подписанном в Париже графом Владимиром Николаевичем Коковцовым, профессором Антоном Васильевичем Карташовым и другими общественными деятелями русской эмиграции в адрес председателя Лиги Наций Бриана, указывалось, что ввиду военной агрессии Японии Лига Наций должна взять на себя труд защищать интересы русского населения в Харбине и в Маньчжурии вообще. Это необходимо ввиду его спорного правового положения, создавшегося на протяжении 1920-х годов во многом благодаря китайским властям. Пока шли дебаты в Лиге Наций, а Япония не спеша готовила свой выход из этой организации, в положении Харбина, или даже в большей степени всей Маньчжурии, происходили предназначенные для нее японцами перемены. Менее чем через месяц после захвата в Мукдене было объявлено о создании нового государства Маньчжоу-Ди-Го. Через неделю после обнародования японцами этой декларации на пост пожизненного владыки был поставлен последний китайский император из династии Дай Цинов — Пу И.
В 1937 году монархия в Маньчжоу-Ди-Го была объявлена наследственной, а задолго до этого законодательного акта, окончательно расписавшись в своем неумении вести дипломатические переговоры, советское правительство затеяло обсуждение с японцами о стоимости КВЖД, всячески подчеркивая свою готовность продать ее за деньги и (!) товары «народного потребления». Бездарно проводя переговоры и делая постоянные уступки, советская сторона неоднократно снижала стоимость, предлагаемую японцам с первоначальной суммы в 250 миллионов золотых рублей (равнявшихся по тогдашнему курсу 625 миллионам японских иен) до 140 миллионов иен и 30 миллионов иен на уплату выходных пособий увольняемым русским служащим железной дороги. После оккупации Манчжурии и полосы отчуждения КВЖД японскими войсками полноценная работа дороги была сначала затруднена, а затем стала и вовсе невозможной также в силу отсутствия японских национальных квалифицированных инженерно-технических кадров. Главным вопросом было, разумеется, их количество, потребное для обслуживания такого массива железнодорожных станций, столь длительной протяженности полотна и многочисленных вспомогательных технических сооружений и депо. Многие старые русские железнодорожные инженеры были при этом уволены, а часть тех, кто обзавелся к тому времени советским подданством, вернулись в СССР.
Как и следовало ожидать, почти все харбинские служащие железной дороги с советскими паспортами, кто перед Второй мировой войной был отозван с КВЖД после ее продажи, пополнили ряды заключенных разветвленной системы концентрационных советских лагерей.
К факту японской оккупации Маньчжурии обычные рядовые эмигранты отнеслись неоднозначно. Большинство из них по разным причинам не могло, да и не особенно желало разбираться во внутренних политических дрязгах, постоянно происходивших в азиатском мире сплошь и рядом. Одна из русских мемуаристок отмечает, что появление японских частей в Харбине было тихим, поначалу даже мало ощутимым мирным населением города. Лишь через несколько лет, особенно после вынужденной продажи советской стороной своих прав на КВЖД, японское давление на русских стало настолько усиливаться, что привело в результате к их массовому оттоку из Маньчжурии на юг Китая, в города Шанхай и Тяньцзин. После захвата областей Северо-Восточного Китая японцам пришлось воевать и против местного населения, которое вело непрекращающиеся боевые действия против японских оккупационных войск. По обычаям партизанской войны, в дневное время это были мирные китайцы и маньчжуры, торговавшие в своих лавках на Китайской улице или ведущие какие-то нехитрые торговые операции на Пристани, однако с наступлением темноты многие из них превращались в партизан, объединенных в небольшие сплоченные группы, охотившиеся за солдатами и офицерами оккупационных войск. На вооружении у них были самые примитивные ножи, самодельные мечи, легко в случае обыска прятавшиеся среди домашней утвари, иногда револьверы. Реже встречались маузеры, и высшим шиком мало-мальски уважающих себя главарей партизанских отрядов считалось обладание сразу двумя маузерами, висевшими на их владельце, как правило, наперевес.