Дипломатические представители Китая, обсуждавшие с представителями МИД России этот документ на переговорах, не были особо щепетильны с российскими коллегами, постаравшись сразу же насытить содержательную часть договора такими условиями, чтобы, получив от российской дороги максимум экономических выгод, постараться загнать партнеров в рамки многочисленных обязательств. Российские дипломаты с сожалением вспоминали, что подобный тон переговоров китайцы не позволили бы себе при обсуждении с державами Запада и, в меньшей степени, с Японией. Для примера можно рассмотреть лишь две статьи из подписанного соглашения, чтобы понять неуместность, а порой даже абсурдность китайских претензий. Так, в Статье 4-й говорилось о том, что перспективное соединение будущего железнодорожного пути с российской веткой дороги не должно никоим образом послужить предлогом к каким-либо возможным действиям по использованию китайской территории в российских коммерческих интересах. В Статье 5-й отмечалось, что лишь в мирное время Россия будет иметь права на транзитный провоз своих войск и боеприпасов по линии, да и то лишь с теми остановками в пути, которые могут быть обусловлены крайней технической необходимостью.
Опасения китайских дипломатов относительно возможной военной интервенции, как показало время, были напрасны. Вплоть до Первой мировой войны из военизированных российских структур в Маньчжурии размещалась лишь Пограничная стража Заамурского округа, да немногочисленные подразделения жандармерии и полиции. Согласно все тому же договору с Китаем, русские войсковые части размещались для охраны арендованной на 99 лет полосы Китайско-Восточной железной дороги, и главным их предназначением являлось противодействие участившимся случаям грабежей и разбоев, которыми в тех местах промышляли хунхузы. Как известно, к моменту заключения договора в северной части Манчжурии продолжали действовать жестокие банды «краснобородых» или «хунхузов», появлением своим обязанные вполне конкретным историческим обстоятельствам. В 1898 году в ответ на расширенный приток иностранного капитала в Китай, вступление иностранных армий под предлогом охраны национальных концессий и попутную насильственную «христианизацию» местного населения в Северном Китае поднялось так называемое Боксерское восстание, направленное против иностранцев вообще. Русские подданные в Северо-Восточном Китае, трудившиеся на строительстве дороги, именовали этих «повстанцев» хунхузами или просто бандитами. Хунхузы, объединившиеся в банды, продолжали устраивать свои набеги на русские и китайские поселения и после подавления Боксерского восстания. Еще в течение длительного времени во многих районах Северо-Восточного Китая они серьезно угрожали своими бесчинствами, грабежами и убийствами не только постоянно проживающему населению или случайно оказавшимся здесь немногочисленным путешественникам, но и транзитным железнодорожным составам.
В 1896 году Российской империей был заключен военный союз с Китаем, за коим последовала ратификация сторонами договора о строительстве железной дороги. Правда, постоянное военное присутствие в регионе, пусть и в ограниченном виде, обусловленное борьбы с хунхузами, оказалось для России весьма затратным делом с учетом сопряженных с этим делом дополнительных хлопот полицейского и судебного характера.
Защищать полицейскими, чинами корпуса Пограничной стражи и специально присланными для охраны порядка казаками от нападений местных банд приходилась все большее число объектов, так как на всем протяжении строящейся линии дороги постоянно возводилось значительное количество новых технических сооружений. Ежегодно на всем протяжении дороги проектировались и строились депо, станционные больницы, жилые и технические помещения для служащих, ремонтные мастерские для паровозов и вагонов, а также известное количество административных зданий, необходимых для ведения дел и управления различными участками дороги и ее интенсивными транспортными потоками.
В течение первых лет строительства дороги на всем протяжении КВЖД, в том числе и в Харбине, с ростом инфраструктуры русских поселений и приток переселенцев из России начали действовать законы Российской империи, была учреждена юрисдикция русского суда, сформированы русская железнодорожная охрана и учреждения полиции и жандармерии.