В октябре 1949 года местными коммунистами была провозглашена Китайская Народная Республика. 18 августа 1950 года епископ Никандр официально вступил на Харбинскую кафедру, но управлять епархией в прежнем режиме, как удавалось его предшественникам, становилось все сложнее из-за серьезного противодействия и недружественной позиции коммунистической администрации страны. Китайские власти затягивали вопрос о правовом статусе экзархата. Все русские школы в Харбине стали работать по советским программам, согласно которым преподавание Закона Божьего было запрещено. В 1954 году начался процесс «китаизации» православной церкви и мероприятия по организации Автокефальной Китайской православной церкви. Русскому духовенству было предложено выехать в СССР. Неотвратимо вставал вопрос выбора — возвратиться в лоно сергианской церкви в СССР, пойдя на сделку с собственной совестью, или, как говорили харбинцы, податься «за речку». Отечество свое российское, несомненно, любили все, но и жизнь в коммунистической России с превалирующим материалистическим сознанием населения, попранием на государственном уровне национальной мысли и свобод русского народа как титульной нации не выглядела для духовенства, как хранителя и созидателя идеи Святой Руси сколь бы то ни было привлекательной. Было ясно и то, что при дальнейшей эмиграции в западные страны клир ожидал переход под юрисдикцию Зарубежного синода, что давало относительные свободы в исповедании веры, но объективно значительно сужало круг паствы и пространства лдя пастырской деятельности. Для себя владыка Никандр твердо решил следовать послушанию и преданности Московской патриархии. 27 февраля 1956 года в переполненном Свято-Николаевском кафедральном соборе преосвященнейший Никандр в последний раз отслужил Божественную литургию. Присутствующие сознавали, что с его отъездом собор этот перестает быть кафедральным, однако отъезд владыки в СССР многими был расценен как предательство истинной церкви. Еще бы, ведь митрополит добровольно отбывал в страну, где волею коммунистического владыки было воссоздано подобие церкви, в моральном отношении не лучше «обновленческой», времен экспериментов ГПУ по расколу православия в 1920-е годы. Эта церковь благословляла советских вождей-богоборцев, объявляла их печали и чаянья своими печалями и чаяньями, словом, поступала в идеологическое услужение к коммунистам — попирателям трона помазанника Божья и гонителям православной веры. Впрочем, и сторонников сосуществования с советской властью в Харбине в ту пору было предостаточно. Владыка отбыл на вокзал, где его ожидала громадная толпа харбинцев — почитателей советской власти, прибывших проводить своего архипастыря «на Родину».