Завод стоял на берегу залива. Перед Путиловым стояла задача создания настоящего морского порта при заводе и соединения его глубоководным каналом с Кронштадтом. Морского порта в Петербурге не было. Из-за того, что Финский залив был слишком мелок, грузы с океанских кораблей необходимо было перегружать на барки в Кронштадте, а потом буксировать в Неву. Всё это удваивало стоимость доставки. Путилов же собирался соединить в единое целое три пути – морской, речной и железнодорожный.
Для реализации своей идеи Путилов намеревался взять заем у немецко-русского торгово-промышленного банка, но не смог получить кредит. В итоге Путилов решает использовать аванс, полученный на производство паровозов, а долг отдать за счет реализации вагонов. Но в Россию приходит кризис, строительство железных дорог сокращается. Перед Путиловым встает непростой выбор: сократить производство или закрыть завод. Он предпочитает третий путь: предлагает рабочим работать в долг. Получив деньги для оплаты строительных материалов, Путилов раздает их в качестве зарплаты. Отдавать долги нечем.
Все больше и больше залезая в долги, Путилов продает свою долю в Обуховском заводе и часть Путиловского. На Путиловском начались массовые сокращения рабочих и задержки с выплатой жалованья.
Николай Путилов умер от инфаркта 18 апреля 1880 года. Известен факт, что гроб с его телом рабочие завода пронесли весь путь на руках от дома до кладбища – это более 20 километров.
Через пять лет после его смерти 15 мая 1885 года новый Морской торговый порт заработал вместе с открытием 32-километрового канала для прохода судов.