Созван был земский собор. На нем решено было отомстить полякам за прежние неправды и отнять у них города, неправильно захваченные ими у русских. На жалованье ратным людям положено собрать по-прежнему с гостей и торговых людей пятую деньгу, а бояре, окольничьи и думные люди, стольники, дворяне и дети боярские, дьяки, архиереи и все монастырские власти обязались давать, смотря по своим пожиткам, вспоможение, которое называлось «запросными деньгами», и доставлять в скором времени в Москву князю Пожарскому с товарищами, которым поручен был этот сбор. Главное начальство над войском в 32000 человек поручено было боярину Михаилу Борисовичу Шеину и окольничьему Артемию Измайлову (всего войска было более 66000 и 158 орудий). Шеин и Измайлов должны были идти добывать Смоленск, а прочие воеводы-другие города. Дела пошли удачно для Московского государства; воеводы успели захватить несколько городов и посадов; сам Шеин окружил себя окопами под Смоленском на Покровской горе. Поляки в Смоленске отбивались 8 месяцев и уже, по недостатку припасов, готовились сдаться, как в августе 1633 года, в ту пору неожиданно, подошел к городу Владислав с 23 000 человек войска. В это время, по наущению Владислава, казаки и крымцы напали на украинные города Московского государства. Услыхали об этом служилые люди, помещики украинных городов, бывшие в войске Шеина, вообразили себе, как в их отсутствие враги станут убивать и брать в плен жен и детей, и стали разбегаться. Войско Шеина значительно уменьшилось; он не мог устоять против Владислава на Покровской горе, отступил и заперся вблизи в острожке. Поляки осадили его. Шеин выдерживал осаду до февраля 1634 года. Войско его страдало от цынги. Сделался мор, а из Москвы не посылали ему ни войска, ни денег. Царь, 28 января 1634 года, узнавши о бедственном состоянии Шеина, снова созвал земский собор и жаловался, что сбор запросных и пятинных денег шел хуже, чем в прежние годы, хотя русская земля с тех пор и поправилась. Собор постановил новый сбор запросных и пятинных денег, который и поручен был боярину Лыкову. Но пока могли быть собраны эти деньги и доставлено продовольствие Шеину, его войско под Смоленском пришло в крайнее положение. Между тем иностранцы, бывшие при Шеине, начали сноситься с королем. Это побудило наконец Шеина испросить у царя дозволение вступить в переговоры с поляками о перемирии. Шеин заключил условие, по которому русскому войску дозволялось беспрепятственно вернуться в отечество, с тем оружием, какое оно имело на себе, положивши все пушки и знамена перед королем, а желающим предоставлялось вступить в польскую службу: но из русских людей нашлось таких только 8 человек, а иноземцев перешло довольно. 2 004 человека больных воинов было оставлено под Смоленском. С Шейным ушло 8056 человек. Шеин с товарищами вернулся в Москву.
В то время когда Шеин стоял под Смоленском, в Москве произошли большие перемены. Филарет скончался в октябре 1633 года. Вместо него возведен был на патриаршеский престол псковский епископ Иосиф, прежде гонимый Филаретом, а под конец назначенный им самим себе в преемники. С кончиной Филарета подняли голову бояре, которые до того времени боялись строгого патриарха, но нисколько не боялись добродушного царя. Немедленно возвращены были Салтыковы и снова стали близкими к царю людьми.
Бояре вообще ненавидели Шеина. Он раздражал их своей гордостью, озлобил заносчивостью: Шеин, где только мог, не затруднялся выказывать свое превосходство перед другими и выставлять неспособность своих товарищей; Михаил Борисович не считал никого себе равным. Летописцы говорят, что и в войске, как начальник, он не был любим ратными людьми за то, что обращался с ними надменно и жестоко. Бояре увидали случай отомстить ему за все оскорбления, которые он дозволял себе по отношению к ним. Царь Михаил Федорович, по смерти родителя, не имел силы воли противостать боярам, а может быть, и сам находился под их влиянием. Над Шейным и его товарищами произвели следствие и 23 апреля 1634 г. в приказе сыскных дел приговорили казнить смертью Михаила Шеина, Артемия Измайлова и сына последнего, Василия.