Ранняя жизнь патриарха Гермогена неизвестна, как равно его происхождение и место рождения. Поляки впоследствии говорили, что он некогда служил в донских казаках, а потом был попом в Казани; они ссылались на дела казанского дворца, где будто бы находились обвинения на Гермогена в предосудительных поступках, совершенных им в то время. Это известие не может быть принято за достоверное. Историческая деятельность Гермогена начинается с 1589 г., когда, при учреждении патриаршества, он был поставлен казанским митрополитом. Находясь в этом сане, Гермоген заявил себя ревностию к православию. В казанской земле были крещеные инородцы, только по имени считавшиеся христианами; чуждые русских, они водились со своими одноплеменниками татарами, чувашами, черемисами, жили по-язычески, не приглашали священников в случае рождения младенцев, не обращались к духовенству при погребениях, а их новобрачные, обвенчиваясь в церкви, совершали еще другой брачный обряд по-своему. Другие жили в незаконном супружестве с немецкими пленницами, которые для Гермогена казались ничем не отличавшимися от некрещеных. Гермоген собирал и призывал таких плохих православных к себе для поучения, но поучения его не действовали, и митрополит в 1593 г. обратился к правительству с просьбою принять со своей стороны понудительные меры. Вместе с тем, его возмущало еще и то, что в Казани стали строить татарские мечети, тогда как в продолжение сорока лет, после завоевания Казани, там не было ни одной мечети. Последствием жалоб Гермогена было приказание собрать со всего Казанского уезда новокрещеных, населить ими слободу, устроить церковь, поставить над слободою начальником надежного боярского сына и смотреть накрепко, чтобы новокрещеные соблюдали православные обряды, держали посты, крестили своих пленниц немецких и слушали бы от митрополита поучения, а непокорных следовало сажать в тюрьму, держать в цепях и бить. Суровый и деятельный характер Гермогена проявляется уже в этом деле.
С восшествием на престол названого Димитрия, был устроен сенат, где надлежало заседать и знатному духовенству: Гермоген был членом этого сената и потому был приглашен в Москву. По случаю бракосочетания царя с Мариною, Гермоген резко начал требовать крещения католички, и за это был удален в свою епархию. Царь Василий Шуйский приказал возвести его на патриаршество, но скоро не поладил с ним. Гермоген был человек чрезвычайно упрямый, жесткий, грубый, неуживчивый, притом слушал наушников и доверял им. Подчиненные его не любили: он был человек чересчур строгий. Но при всем том, это был человек прямой, честный, непоколебимый, свято служивший своим убеждениям, а не личным видам. Находясь постоянно в столкновениях с царем, он, однако, не только не подавал руки его многочисленным врагам, но всегда защищал Василия. Строгий приверженец формы и обряда, Гермоген уважал в нем лицо, которое, какими бы путями ни достигло престола, но уже было освящено царским венцом и помазанием. Он выходил на площадь усмирять толпу, вооружавшуюся против Шуйского, заступался за него во время низложения, проклинал Захара Ляпунова с братиею, не признавал насильственного пострижения царя, так как оно не могло освящаться даже и правильностию совершенного над ним обряда, наконец, и тогда, когда уже Шуйский был в Чудовом монастыре, советовал возвести его снова на престол. Гермоген не обращал тогда внимания на обстоятельства, делавшие такой шаг решительно невозможным. Для Гермогена существовало одно – святость религиозной формы. Когда уже Жолкевский стоял под Москвой и бояре поневоле предлагали корону Владиславу, Гермоген противился, осуждал намерение призывать на московский престол иноплеменника и соглашался на то в крайности, только с тем, чтоб Владислав крестился в православную веру. Жолкевский не соглашался; дело тянулось; наконец, когда Жолкевский дал боярам заметить, что может прибегнуть и к силе, если мирным путем ничего не добьется, бояре составили договор, стараясь, по возможности, оградить православную веру, и пошли просить благословения патриарха. «Если, – сказал патриарх, – вы не помышляете нарушить православную веру, да пребудет над вами благословение, а иначе: пусть на вас ляжет проклятие четырех патриархов и нашего смирения; и приимете вы месть от Бога, наравне с еретиками и богоотступниками!» Увидевши в церкви с боярами Михаила Молчанова, убийцу Борисова сына, недавно игравшего роль Димитрия в Самборе, Гермоген прогнал его такими словами: «Прочь отсюда, окаянный еретик, ты недостоин входить в церковь Божию!»
Посольство Филарета и Голицына отправилось от всей земли русской в Смоленск с просьбою о даровании в цари русские Владислава на условиях договора, заключенного с Жолкевским. Патриарх, верный своему желанию признать Владислава, не иначе как после принятия им православной веры, написал Сигизмунду письмо, в котором выражался так: