Стремясь сохранять нейтрально-примирительную позицию в разгоревшемся конфликте, Российский Синод предпринял ряд мер, направленных на преодоление изоляции Болгарской Церкви, из чего можно сделать вывод, что он считал недостаточными причины для признания ее раскольнической. В то же время в целом отношение Российской Церкви к Болгарскому экзархату до 1917 г. было довольно противоречивым. Святейший Синод не признавал схизму 1872 г., о чем заявил в 1878 г., и с 1880 г. до 1915 г. снабжал Болгарскую Церковь святым миром, но избегал евхаристического общения с ней, официально допускались лишь совместные молебны. При этом во время русско-турецкой войны 1877–1878 гг. российские военные священники многократно совершали богослужения вместе с болгарскими священнослужителями, в связи с чем Константинопольская Патриархия заявила протест. Российский Синод составил довольно резкий ответ с указанием, что акт о наложении схизмы на Болгарскую Церковь принял не Вселенский Собор, а Собор Константинопольского Патриархата, и поэтому его исполнение не обязательно для других Православных Поместных Церквей. Ответ был отправлен российскому посланнику в Константинополе с рекомендацией самому определить, вручать его Константинопольскому патриарху или нет, смотря по обстоятельствам. В итоге Послание Святейшего Синода так и не было передано.
В 1902 г. было совершено совместное освящение русскими и болгарскими священнослужителями Рождественского храма-памятника российским воинам на Шипке (в том числе митрополитом Старо-Загорским Мефодием). Кроме того, болгарские духовные лица, являясь учащимися российских духовных академий, по приглашению русских священнослужителей участвовали в совершении литургии соответственно своему духовному сану. Вплоть до 1918 г. болгары получали высшее духовное образование преимущественно в русских Академиях, и основная часть высшего болгарского клира была их воспитанниками. Например, только в Киевской духовной академии в 1887 г. обучалось семь, а в 1897 г. – одиннадцать болгар.
Российский император Николай II в 1901 г. отпустил из своих личных средств 3 тыс. руб. золотом на строительство в Софии болгарского храма св. мч. Николая Софийского. Когда болгарские и русские священнослужители при предстоятельстве митрополита Доростоло-Червенского Василия в ноябре 1914 г. совместно освятили российский посольский храм свт. Николая Чудотворца в Софии, Вселенский патриарх Герман в письме от 20 января 1915 г. выразил протест Святейшему Синоду, на что вскоре последовал ответ, что Российская Церковь схизму 1872 г. не подписывала и считает себя свободной в своих отношениях с Болгарской Церковью[8].
Однако, принимая во внимание позицию Константинопольского Патриархата, Российская Церковь не поддерживала полного канонического общения с Болгарским экзархатом. Так, например, митрополит Московский Макарий (Булгаков), исполняя предписания Святейшего Синода, не допустил к богослужению 15 августа 1879 г. митрополита Видинского Анфима (бывшего экзарха Болгарии) и епископа Браницкого Климента, прибывших в Россию для выражения признательности болгарского народа за освобождение от турецкого ига. Митрополит Варненский Симеон, прибывший во главе болгарской государственной делегации по случаю восшествия на престол императора Александра III в мае 1883 г., совершил в Санкт-Петербурге панихиду по почившему государю Александру II без участия русского духовенства. В 1895 г. митрополит Тырновский Климент был любезно принят Санкт-Петербургским митрополитом Палладием, но и в этот раз не имел евхаристического общения с русским духовенством[9].
После русско-турецкой войны 1877–1878 гг., завершившейся освобождением значительной части Болгарии, согласно решениям Берлинского конгресса 13 июля 1878 г., территория Болгарского экзархата была разделена между четырьмя государствами: княжеством Болгария, Турцией, Сербией и Румынией. Однако большинство болгар расценивали границы экзархата как линии, отмечающие территорию их будущего государства. Так Болгарская Православная Церковь стала основным средством сохранения единства болгар (без учета их гражданства) и восстановления значительно более обширных границ страны в рамках Сан-Стефанского мирного договора от 3 марта 1878 г., превратив это стремление в национальную идею.