В 1939 году Вайгель был переведен в Хорн-Липпе, где у «Наследия предков» имелось собственное здание. По большому счету этот перевод был всего лишь итогом переименования отдела содействия изучению надписей и символов в исследовательский отдел изучения символов. Начало Второй мировой войны в значительной мере сократило количество исследовательских проектов, которые осуществлялись в рамках «Наследия предков». Однако деятельность Карла Теодора Вайгеля была классифицирована как «военно значимая». Вдобавок Вайгель перенес к тому моменту сердечный приступ, а потому он был освобожден по состоянию здоровья от призыва на фронт. В 1943 года отдел Вайгеля, превратившийся в настоящий исследовательский центр, был переведен в Геттинген, где был слит с центральным отделом исследования рун «Наследия предков», во главе которого стоял известный специалист по изучению рунической письменности Вольфганг Краузе. После объединения этих двух структур возникло учебно-исследовательское управление по изучению рун и символов. Но, по сути, управление, как и ранее, делилось на два самостоятельных отдела. Как и стоило предполагать, Карл Теодор Вайгель возглавлял отдел символов. Буквально накануне поражения Германии во Второй мировой войне ему удалось совершить несколько исследовательских поездок по территории Фландрии и Голландии. Именно в это время его исследования были замечены в академической среде, за что Вайгелю была присвоена ученая степень. Однако надо отметить, что в первую очередь все-таки отмечались не столько научные открытия, к которым пришел Вайгель, сколько его деятельность по собиранию и классификации «германских символов». После окончания Второй мировой войны Карл Теодор Вайгель жил в Хольцхаузене, местечке, располагавшемся буквально под боком у мегалитического комплекса Экстернштайн. Этот факт интересен нам в силу нескольких обстоятельств. Во-первых, скалы Экстернштайна всегда притягивали к себе исследователей «германской старины». Во-вторых, со временем Экстернштайн перешел в ведение «Наследия предков», превратившись в своеобразную «эсэсовскую святыню». Скончался Карл Теодор Вайгель в середине 50-х годов.
Как уже говорилось выше, в 1945 году «архив Вайгеля» перешел в распоряжении Геттингенского университета, оказавшись в фактическом распоряжении фольклористского семинара. Заведовал архивом научный сотрудник по имени Вилль-Эрих Пойкерт. Естественно, это было сделано без ведома Вайгеля. Сам сотрудник «Наследия предков» едва ли мог быть в восторге оттого, что его архив был передан университету. Они никогда не имел в нем множества сторонников, скорее в университете у него было больше противников. По крайней мере, это относится к тому времени, что он работал в Геттингене. Кроме этого Вайгель не раз давал отрицательные характеристики семинару фольклористики, напомним, который был создан еще в 1939 году. Вайгель заявлял, что «фольклористы совершенно игнорировали такую сторону культурной жизни германцев, как символы». Кроме этого он любил говаривать, что они постоянно создавали помехи его деятельности и «насмехались над великими художественными стилями». Действительно, представители семинара видели в факте возникновения символов всего лишь «игровые инстинкты примитивного человека», что никак не могло удовлетворить Вайгеля. Он полагал, что подобный подход не просто сужал, а искажал взгляд на культурную и духовную историю германцев.
Кроме этого надо отметить, что институциализированное исследование символов было сопряжено с множеством трудностей и сложностей. Исследовательская деятельность в Третьем рейхе нередко превращалась в битвы за собственное признание. Отдельные из исследователей и изыскателей должны были постоянно подчеркивать исключительность своих работ. Подобное приходилось делать и Карлу Теодору Вайгелю. Чтобы обосновать значение своих исследований, ему постоянно приходилось ссылаться на национал-социалистическое мировоззрение. «Эти символы — существенная часть мировоззрения нашего народа. Они — это духовное наследие наших предков, начиная с древнегерманских времен. Они — это проявления того, что наши германские предки понимали под мифическим единством».