18 ноября 1598 года на трон Испании взошел Филипп III, внук Карла V. В отличие от Филиппа II над ним не тяготел прославленный образ великого отца, да и сама империя Габсбургов уже около 40 лет была раздроблена. Гораздо больше его интересовали заморские владения Испании, к которой с 1580 года отошли в результате аннексии и бывшие португальские колонии. В наследство Филиппу III досталось 12 королевств, и ему хватало забот, чтобы думать еще и о новых завоеваниях, к тому же бурное развитие протестантской Англии и католической Франции напрочь отбило у него охоту мечтать о гегемонии над Европой. Увы, вслед за своим отцом он совершил ту же грубую ошибку, заключавшуюся в презрительной недооценке значения подчиненной ему Бельгии. Он не сообразил, что добрые отношения с бельгийскими подданными могли бы стать для него крупным козырем в той политико-экономической игре, которая велась в Европе. Он не понимал, что с закрытием порта Шельды Южные Нидерланды оказались обречены на разорение, и ждать отсюда такой же богатой дани, какую получал от этой страны его дед, ему уже не приходилось. Не постигал он и другой истины: выступавшие за отделение провинции представляли собой морской форпост, открывавший прямой путь к новым землям, на которые давно зарилась Англия. Разумеется, в этих условиях Англия не могла не поддержать Морица Нассауского, хотя бы и под прикрытием лозунгов религиозного братства. Поэтому борьба с кальвинистами автоматически превращалась для Филиппа III в войну с английскими солдатами. Человек ограниченный и спесивый, Филипп III видел в Нидерландах лишь испанские территории, этакий географический придаток Испании на карте Европы. Он верил, что его власти достанет и для того, чтобы покорить бунтовщиков на севере, и для того, чтобы вынудить Морица Нассауского отказаться от сепаратистских планов, и для того, чтобы вновь объединить 17 провинций под испанским скипетром. Искренне считая Испанию пупом Земли, он не оказал Изабелле ни политической, ни экономической поддержки, которая позволила бы избежать раздела Нидерландов. Мало того, когда обнаружилось, что богатств, доставляемых испанскими галеонами из колоний, явно недостаточно для поддержания финансовой мощи империи, он усилил налоговое давление на Южные Нидерланды, не озаботившись направить в эти земли дополнительные военные силы, необходимые для противостояния кальвинистам. Больше всего на свете его раздражал раздел Нидерландов. Ревность к сводной сестре, эрцгерцогине Изабелле, посягавшей на полуавтономию, не давала ему покоя. Он сохранял убеждение, что именно эрцгерцоги, торжественно въехавшие в Брюссель в 1599 году, виновны в провале возложенной на них миссии объединения земель, а главное, в потере города Хертогенбоса, превратившегося затем в оплот кальвинизма на фламандской территории.
Этой военной неудачей Филипп III поспешил воспользоваться как предлогом, чтобы постепенно лишить Альберта и Изабеллу реальной власти. В 1604 году он отстранил Альберта от распоряжения поступаемыми из Испании средствами. На следующий год он отстранил его от руководства армией, возложив эту миссию на генерала Амброджио Спинолу — 33-летнего генуэзского аристократа, предоставившего в распоряжение испанского монарха и свое состояние, и свое войско.
Выдающийся стратег, Спинола повел наступление на кальвинистов и вынудил их в 1607 году подписать перемирие. Филипп III тайно снабдил своего выдвиженца необходимыми полномочиями и поручил ему исполнение следующего плана. В случае смерти Альберта Спинола обязан доставить Изабеллу в Испанию; если же, напротив, первой умрет Изабелла, генуэзец должен добиться от Альберта клятвы верности королю Испании. Отныне ни одно решение, принятое брюссельским двором, не подлежало исполнению без санкции Мадрида. Ожидать этих санкций приходилось подолгу, поскольку Филипп III унаследовал от отца крайнюю нерешительность.
На самом деле со времен Карла V мало что изменилось, если не считать приближающегося распада созданной им империи, обусловленного, с одной стороны, возрастающей мощью северных провинций, а с другой — бездарностью и спесью его наследников.
Изабеллу бельгийцы приняли радушно, видя в ней принцессу крови, ведущую происхождение от Карла V и герцогов бургундских. Она в ответ пыталась более или менее разумно править страной в пределах своей относительной независимости. В целом это удавалось ей скорее неплохо, потому что даже после смерти мужа она, вопреки первоначальным планам испанского короля, сохранила за собой фламандский престол.