Вот в такой атмосфере фанатизма и нетерпимости Ян Рубенс в 1562 году приступил к исполнению своих обязанностей эшевена. Служба требовала от него соблюдения испанского права в городе, от всего сердца ненавидевшем это право, мало того, в городе, имевшем достаточно сил для противостояния. Из всех 17 провинций Антверпен выделялся богатством, высокой культурой и независимостью. Разноплеменное население привыкло к свободному обмену мнениями и крайне неодобрительно восприняло установление единого порядка. Порт мирового значения, всеевропейская ярмарка, этот город, первым получавший заморские товары, скопил огромные финансовые богатства. Одновременно банк и кладовая всей Европы, он мог обеспечить своим жителям сытую и безбедную жизнь. Мало того, начиная с XV века здесь неизменно находили приют вынужденные переселенцы-протестанты, которых не трогали в годы правления Карла V. Кальвинизм пустил здесь корни исподволь, находя сторонников в самых разных слоях общества. Всеобщее недовольство испанским владычеством встречало отклик у бедняка, раздраженного пышной роскошью католических церквей; у купца, теряющего часть прибыли из-за непомерных налогов; у дворянства, отстраненного от управления государством. Наиболее образованная часть населения, к которой относились и юристы, если даже и не придавали особого значения соображениям прагматического характера, все сильнее ощущали потребность в национальном самоопределении.
Эшевен Ян Рубенс в полном соответствии со своей должностью разделял всеобщее недовольство и даже принял некоторое участие в подготовке восстания, осуществляя связь между возглавившим его Вильгельмом Оранским (Молчаливым) и властями Антверпена. Какими мотивами руководствовался отец Рубенса, примыкая к кальвинизму? Что им двигало: двоедушие или политические убеждения, религиозная вера или карьеризм? Очевидно, все эти соображения сыграли свою роль, хотя, наверное, и не в равной мере. Так или иначе, все семь лет, что он провел в должности эшевена, с 1562 по 1568 год, Ян Рубенс вел двойную жизнь, официально являясь слугой закона, против которого он втайне злоумышлял под эгидой Молчаливого. Практически все жители Антверпена той поры поступали аналогично. Когда же движение сопротивления вышло из подполья и заявило о себе в полный голос, Ян Рубенс повел себя таким образом, что в нем стало трудно заподозрить мученика за идею, и самый его переход к новой вере обрел гораздо более ощутимый налет конформизма.
С ростом числа кальвинистов менялись и их настроения. Теперь им уже казалось мало просто бойкотировать католицизм, и они желали его свержения. В 1566 году в Антверпене вспыхнуло восстание «иконоборцев», перекинувшееся на остальные провинции. Восстание, в ходе которого разорению подверглось около 400 церквей, докатилось до Брюсселя. Когда «гезы», как называли себя восставшие, собрались под окнами дворца Маргариты Пармской, воинственно размахивая пиками и дрекольем, насмерть перепуганная правительница пообещала им полную свободу вероисповедания. Отныне рядом с католическими церквами начали открываться протестантские храмы. Воодушевленное этой победой дворянство также поспешило заявить о своих правах. Граф Эгмонт и граф Горн потребовали восстановления своих привилегий, участия в управлении провинциями и, наконец, прекращения преследований со стороны инквизиции, в частности, уничтожения практики расклеивания списков еретиков.
Это переполнило чашу терпения Филиппа II. Он объявил, что едет в Нидерланды. На самом деле он намеревался отправить туда войско дона Фернандо Альвареса де Толедо, широко известного под прозвищем «свирепого герцога Альбы». Испанский гранд, преданный душой и телом своему королю, свято верил в величие порученной ему миссии.
Прикрываясь именем Христа, его солдаты доказали, на что способна испанская «фурия». Они прокатились по восставшим территориям с методичностью машины, сея грабежи и убийства, насилие и пытки. Особенно досталось Антверпену. Зачинщик восстания 1566 года подвергся полному разорению. Руководителей, непокорных графа Эгмонта и графа Горна, бросили в темницу. По приказу герцога Альбы повсюду открывались «трибуналы для смутьянов». Представителей местной власти взяли в жесткие тиски: каждый бургомистр и эшевен обязан был лично явиться к герцогу и доказать, что не имеет ничего общего с еретиками.