И наконец, сильно возросла экономическая мощь церкви, сосредоточившей в своих руках громадные земельные владения.
Ростовский архиепископ в 1589 году получил высший чин митрополита.
Крупнейшим сооружением Ростова XVI века был Успенский городской собор. Это здание, построенное на месте более древнего собора, на долгое время стало архитектурным центром города. Близ собора располагался двор архиепископов, на котором находилось немало каменных зданий.
Архитектура церкви Исидора и Богоявленского собора Авраамиевского монастыря, ктитором которых был Иван Грозный, оказала решающее влияние на последующее развитие зодчества Ростова и Ярославля.
Крепостные укрепления города, которым в те времена придавалось большое значение, были слабы — немец- опричник Генрих Штаден назвал город незащищенным.
Малочисленны свидетельства о жизни города и культуре того времени. Летопись о ростовских архиереях рисует скупыми штрихами архиепископа Никандра, любимца Ивана Васильевича Грозного, весело проводившего время в загородном дворце и скончавшегося „среди пиршества с друзьями своими“ потому, что „был в пьянство погружен“.
Как отзвук идеологической борьбы проходит имя Давида, обвиненного в ереси и отправленного в монастырь „под начал, дондеже в чувство приидет“.
Ростовцу Георгию Скрипице, „нищему вдовцу попу града Ростова“, принадлежит яркий литературный памятник — послание Собору 1503 года, в котором он остроумно полемизирует с князьями церкви, показывая их ханжество, мздоимство и другие пороки.
Считают, что Тверская летопись, составленная в 1534 году, принадлежит ростовцу. В ней особенно любовно переписана более ранняя редакция былины об Алеше Поповиче, ростовском богатыре. Славя своего земляка, автор укоряет князей, по вине которых погиб „храбра
Среди немногочисленных сохранившихся памятников искусства XVI века, хранящихся ныне в Ростовском музее, привлекает внимание несколько произведений живописи и сюжетного шитья на покровах. Икона ростовских святителей радует непосредственностью изображения благородных старцев, фронтально вытянувшихся в ряд перед зрителем. Они не лишены изящества своими вытянутыми фигурами и маленькими головками. Симметрия поз, симметрия тональности одежд еще более подчеркивают представительность святителей.
Эта и другие иконы (илл. 4), так же, как и шитые шелком изображения старцев на покровах, могли быть выполнены и местными мастерами, однако, они не имеют уже каких-либо отличительных черт ростовской школы, как произведения XIII–XIV веков; это уже полностью победившая московская школа искусства.
Польско-шведская интервенция начала XVII века нанесла тяжелое разорение Ростову. „Дозорная книга“ 1619 года так свидетельствует о состоянии города: „Место пожарное Олеши Ошанина, а он был в земских старостах и литовские люди его ссекли, а тело его собаки сиели. Место пожарное дьячка Князева, он убит. Место пожарное Нежданка Оладина: скитается по миру. Двор Лучки Ермольева обнищал “…
После изгнания врагов и некоторой стабилизации экономики страны московские власти предпринимают ряд довольно крупных работ по укреплению городов. Укреплен был земляными валами и Ростов. Работы проводились в 1631–1633 годах жителями Ростова, Кинешмы и Пошехонья, „а работников было пеших 1000, да конных 100, а землю на город возили тележками на одном колесе деланы, а конные телеги были деланы на дву колесах. Ящики на ветлугах“. Работами руководил голландец Ян Корнелиус Роденбург, или, как его называли, Ян Корнилов. Были сделаны трое ворот: Фроловские (на Ярославль), Борисоглебские (к озеру) и Петровские (на Москву). У Петровского въезда была сооружена деревянная боевая башня.
Крепость была построена по всем требованиям военной техники своего времени. Она имела ров (от которого до сих пор сохраняется илистая канава под названием Пига), низкий земляной вал, второй ров и высокий земляной вал. Валы имели девять выступов, особенно мощных в сторону суши и слабо выраженных к озеру. Укрепления строились без учета уже сложившегося города. Переписные книги Ростова пестрят записями о сносе дворов. На месте „где бывал сстрог“ … двор стряпчего Василья Алексеева сына Третьякова… ныне сламан под город“. В кварталах, примыкающих к городу, „ДЕоришко бобыля Гришки Ерофеева … ныне скопан в ров“, другие владения „ныне под мостом“, или „под заплотою“. Но, видимо, большого внимания содержанию крепости не придавали, так как уже в 1645 году башни и тыны у въездов требовали большого ремонта, а в 1676 году воевода Татищев, принимая город, сообщал, что „городового и никакого наряду и тайников и в них воды и пороховой и свинцовой казны… нет“.