С территории кремля церковь предстает с северо-восточной стороны. Здесь становится яснее, что храм стоит на высоком подклете (возможно, для него использованы более древние палаты бывшего на этом месте Ивановского монастыря). В подклете помимо проездов, которые, как и в церкви Воскресения, сделаны „коленом“, находится несколько кладовых палат. Заметим, что проездных арок на северном фасаде две, а не три, как на западном. Там вся композиция была построена на симметрии, здесь же по традиции один проем сделан более широким и высоким, чем второй. Более четко выделяется и галерея, хотя ее декоративная обработка значительно проще, чем на западной.
Вход в церковь сделан с южной стороны. Крылечко со столбами-кубышками полностью выложено в конце XIX века и выглядит суховатым по своим формам.
Апсиды большого размера имеют очень незаметное закругление и широкий карниз с плоскими нишами, как на апсидах Успенского собора.
Церковь Иоанна Богослова восхищает своей стройностью, мастерским расположением глав, когда линии, переливаясь одна в другую, создают неповторимую гармонию.
Так раскрывается перед зрителем это произведение древнерусского зодчего, с таким совершенством выразившего свои представления о прекрасном.
Интерьер церкви также представляет большой интерес; квадратное в плане помещение перекрыто сомкнутым сводом с распалубками, расположенными крестом по странам света. Вытянутое вверх пространство хорошо освещено с трех сторон восемью окнами. Как и в церкви Воскресения, здесь нет деревянного иконостаса и все изображения написаны на стене техникой фрески. Первый ярус алтарной преграды украшен аркадой с золочеными полуколоннами. Перед царскими вратами, как и в церкви Воскресения, вынесен двухколонный портик-киворий, который еще раз повторен и в алтаре средней апсиды. Таким образом, сходство этих сооружений как снаружи, так и внутри очень большое. Но меньший размер церкви Иоанна Богослова, отсутствие высоко приподнятой над полом солеи, делает этот храм более интимным. Он, видимо, и использовался как домовая церковь при Красной палате, с которой был соединен висячим переходом.
В церкви Иоанна Богослова, в единственной из всех кремлевских церквей, на алтарной преграде за местной иконой сохранилась летопись о „надписании“, то есть о росписи храма в 1683 году, но имен мастеров летопись не упомянула. Есть основание приписывать ее Дмитрию Григорьеву с товарищами, ранее работавшими в церкви Воскресения.
Стенопись церкви Иоанна Богослова разбита на шесть поясов. В ней три сюжетных цикла. Верхние два ряда посвящены евангельскому мифу о Христе. Третий, четвертый и пятый — рассказу о жизни патрона храма Иоанна Богослова, шестой — жизни Авраамия Ростовского.
Как и в церкви Воскресения, рассказ здесь начинается с верхнего яруса на южной стене от алтарной преграды, лентой обходит все стены (кроме восточной) церкви, продолжается во втором ярусе, и так до нижнего яруса.
На своде написаны наиболее известные эпизоды из мифов о жизни богоматери, о земных страданиях Христа и его явлений после воскресения. Цикл изображений, посвященный жизни Христа, не блещет оригинальностью композиции и трактовкой сюжетов, он менее интересен, чем те же циклы в Спасской и Воскресенской церквах, где они были главными.
Жизнеописание Иоанна и Прохора, по-видимому, более всего захватило фантазию художников. Ведь изображаемые события происходили когда-то очень давно и в каких-то неведомых странах, уж очень интересно было рассказать о веселых и печальных чертях, о их удачных и неудачных похождениях, о трагичных приключениях Иоанна, имевших счастливый конец.
Вот Иоанн с Прохором на корабле в окружении воинов плывут по бурному морю на остров Патмос (южная стена, третий ярус сверху, илл. 22). Волны изображены тонкими белыми нитями. Ветер натянул три белых паруса, развевает на корме флаг. У лодки сложные очертания, ее нос высоко поднят и украшен орнаментальной скульптурой. В центре лодки, друг против друга с поворотом к зрителю, сидят спокойно беседующие Иоанн и Прохор. Остальные пассажиры изображены плотно прижавшимися друг к другу; выделяются напряженная фигура кормового, удерживающего весло, и жестикулирующий мужчина — отец утонувшего во время бури юноши. Художник простодушно изобразил и юношу в волнах у борта лодки. Так живо рассказан один из первых эпизодов истории Иоанна.