Новое появление Шуйских во власти ознаменовалось усилением власти наместников. Положение становилось невыносимым; составился заговор против Шуйских, во главе которого стали родственники великого князя, Глинские; заговор созревал долго; наконец, в декабре 1543 года, Иоанн собрал бояр, объявил им, что знает, как многие участвовали в хищениях и неправдах, но теперь казнит только одного князя Андрея Шуйского, которого приказал схватить псарям: те растерзали его. Но правления на себя Иоанн не принял, а положился на Глинских и дьяка Захарова.
Новые властители занялись преследованием людей им неприятных: в 1544 году князь Кубенский, приверженец Шуйских, был подвергнут опале, но потом помилован; в 1545 году урезан язык Бутурлину и положена опала на Воронцова, бывшего любимца царя.
В это время шестнадцатилетний великий князь забавлялся и не думал об управлении. В декабре 1546 года, призвав к себе митрополита и бояр, Иоанн заявил о желании жениться и венчаться на царство.
Сам титул царя уже встречается в грамотах, правда – более во внешних отношениях; у великого князя Василия Иоанновича была печать с царским титулом; известны и его монеты с тем же титулом. С падением Царырада мысль о том, что Москва – третий Рим, а государь русский – наследник царя греческого, все более и более укоренялась между книжниками.
Царское венчание совершено было 16 января 1547 года. Позже Иоанн послал просить благословение от царьградского патриарха, от которого и получена была утвердительная грамота. Еще до этого торжества разосланы по городам были грамоты с приказанием привозить в Москву девиц для выбора царской невесты. Выбрана была Анастасия Романовна Захарьина-Юрьина.
Род Захарьиных, происходивший от Федора Кошки, принадлежал к числу немногих старых боярских родов. Как ни любил Иоанн царицу, но, не привыкнув сдерживать себя, он не мог сразу поддаться ее умиротворяющему влиянию. Обыкновенно сильное влияние на царя приписывается пожару, когда горела вся Москва. Волнующийся народ требовал выдачи бабки царя – княгини Глинской, чарам которой приписывал пожар. Царь был в своем дворце на Воробьевых горах. Сюда явился к нему священник Сильвестр.
Курбский пишет, что он произнес к царю грозную речь, заклиная его именем Божиим и подтверждая слова свои текстами Святого Писания. Сильвестр был священником Благовещенского собора, старший священник которого был царским духовником. Поэтому он был давно известен Иоанну и, как переселенец из Новгорода, пользовался, вероятно, покровительством Макария, в 1542 году возведенного в сан митрополита. Достигнув двадцатилетнего возраста, царь пожелал высказать, как намерен править впредь, и торжественно заявить, на ком лежит вина в бывших беспорядках.
Для этого он собрал первый земский собор, на утверждение которого был предложен Судебник, представлявший новую редакцию Судебника великого князя Иоанна. К собравшимся представителям Иоанн произнес с Лобного места речь: «Нельзя исправить минувшего зла; могу только спасти вас от подобных притеснений и грабительств. Забудьте, чего уже нет и не будет! Оставьте ненависть, вражду; соединимся все любовию христианскою. Отныне я судья ваш и защитник». Прием прошений Иоанн поручил Адашеву, которого выбрал из людей незнатных: он хотел отстраниться от людей знатных, владычество которых еще свежо было в памяти и его, и всей земли.
В 1551 году, на соборе духовных властей, по вопросам царя даны были ответы относительно искоренения злоупотреблений, вкравшихся в Церковь. Постановления этого собора известны под именем Стоглава, ибо предложено было сто вопросов. Вообще правительство в эту эпоху выказало большую деятельность: наместники-кормленщики заменялись земским самоуправлением, посредством земских старост и целовальников, что было вызвано жалобами населения. Курбский приписывает все, что делалось в эту эпоху, «избранной раде», то есть ближайшим советникам царя, говоря, что эта рада была избрана Сильвестром и Адашевым.
Едва ли, однако, много могли сделать какие-либо советники без полного убеждения царя в необходимости изменений в существующем строе. Преувеличенное, в злобе, показание Иоанна, что советники не давали ему ступить свободно, свидетельствует только о том, как далеко простирал свои притязания Сильвестр, как сильно был раздражен против него и его сторонников царь; но не следует думать, что слова эти были полною правдою. Во внешних отношениях этот период жизни Иоанна ознаменовался важным событием – взятием Казани.