Софья решила опять обратиться к стрельцам, которые семь лет назад помогли ей достичь власти. Начальник стрельцов, Шакловитый, подбросил в хоромы царевны письмо, в котором неизвестный доброжелатель предупреждал правительницу, что «потешные» Петра замышляют убить в ночь с 7 на 8 августа царя Иоанна Алексеевича и его сестру. Софья сделала вид, что чрезвычайно встревожена этим письмом, и приказала Шакловитому поставить четыреста стрельцов в Кремль и триста на Лубянке. Вместе с этим соучастники Шакловитого стали подговаривать стрельцов убить царицу Наталью Кирилловну. Петр в это время жил в селе Преображенском, под Москвой, ничего не подозревая о замыслах сестры. Его спасли два стрельца, явившиеся к нему в Преображенское ночью и рассказавшие о происходящем в Москве.
Испуганный Петр прямо с постели, не успев даже одеться, бросился в конюшню, вскочил на лошадь и ускакал в Троицкую лавру. На другой день туда же приехали и мать, жена, некоторые бояре, «потешные» и стрельцы Сухарева полка.
Поняв безнадежность дальнейшей борьбы, Софья сделала попытку лично объясниться с братом и сама поехала к нему в лавру, но на полдороге получила приказ Петра вернуться в Москву. Тем временем силы Петра значительно увеличились с переходом на его сторону полка служивых иноземцев под начальством Гордона; наоборот, стрельцы, еще остававшиеся в подчинении правительницы в Москве, были ненадежны.
Вечером 6 сентября перед дворцом Софьи появилась толпа стрельцов и стала требовать Шакловитого. Бояре с трудом уговорили Софью исполнить это требование. Шакловитый был выдан и на следующий день отвезен в Троицкую лавру. Софья сделала новую попытку примириться с Петром, отправив к нему своего любимца князя В. В. Голицына с несколькими боярами. Но Петр не принял их. Затем Петр написал старшему брату Иоанну письмо, в котором убеждал его, что пора уже им самим, а не Софье, править государством, и обещал почитать Иоанна как отца. Получив согласие брата, Петр послал в Москву боярина Троекурова с приказанием Софье немедленно перейти на житье в Новодевичий монастырь. Софья долго отказывалась подчиниться этому и только в конце сентября переехала из дворца в монастырь.
После удаления Софьи началось самостоятельное правление царей Иоанна и Петра Алексеевичей, вернее – одного Петра, так как болезненный Иоанн все дела предоставил брату. Правление Петра составило самую замечательную эпоху в жизни русского государства, разбив историю России на два периода – московский и петербургский, так мало похожие один на другой.
Петр I родился 30 мая 1672 года. Многосемейный царь Алексей Михайлович отпраздновал рождение этого ребенка, четырнадцатого по счету, длинным рядом «родинных» и «крестинных» пиршеств. Сам новорожденный был окружен нежнейшими заботами отца и изысканной по тому времени роскошью.
Когда Петр начал ходить, ему сшили зимние и летние кафтанчики «из белого атласа, алой объяри на собольих пупках, шитые золотом, окаймленные немецким кружевом с запонами, низанными жемчугом с серебряными кистями, а пуговицы изумрудные». «Тишайший» царь очень часто приходил играть с сыном и всегда приносил с собой множество всевозможных игрушек. Сначала Петр забавлялся лошадками, деревянными раскрашенными птицами, катался по комнатам на стульчике с железными колесами, развлекался игрой на цимбалах. Но скоро его детскую заполнили военные игрушки: вызолоченные луки, барабаны, сабли, пушки, булавы. Большая часть этих игрушек была иноземного производства.
Как и всем московским царевичам, Петру очень рано пришлось перейти от забавы кученью. Царица попросила боярина О. П. Соковнина найти для Петра учителя, «кроткого, смиренного, Божественное Писание ведающего». Соковнин указал ей на Никиту Моисеевича Зотова, служившего подьячим в приказе Большого Прихода.
Изучение богослужебных и церковных книг Зотов сопровождал всегда беседами с учеником на разные темы, преимущественно из русской истории. От него Петр узнал о происхождении русского государства, об Иване Калите, Иоанне Грозном, о правлении своего отца, «тишайшего» царя Алексея Михайловича. Петр очень любил такие рассказы, в особенности если они сопровождались показыванием картин.
Уроки Зотова продолжались недолго, так как в августе 1680 года он был отправлен посланником в Крым, где пробыл около года. Вскоре учебные занятия Петра прекратились совсем. После смерти царя Феодора Алексеевича начались тяжелые события 1682 года, оставившие глубокий отпечаток на всей деятельности и даже на внешности Петра. Своеобразные подергивания, часто искажавшие лицо Петра, всю жизнь напоминали ему о том ужасе, который он пережил во время стрелецкого бунта в 1682 году.