Действительно, братья Иоанн (в иночестве Иоанникий) и Спиридон (в иночестве Софроний) Лихуды, уроженцы острова Кефалонии, учившиеся философии и богословию сначала в Венеции, затем в Падуанском университете, обладали всеми необходимыми знаниями для преподавания высших наук в Москве.[373] Превосходную аттестацию им как православным «дидаскалам» давала грамота, полученная при отъезде из Константинополя от трех восточных патриархов: константинопольского Дионисия, александрийского Парфения и иерусалимского Досифея, а также нескольких членов Святейшего Синода Вселенского патриархата.[374] В Москве для жительства им определили Богоявленский монастырь, куда 1 июля 1685 г. на учебу к Лихудам с Печатного двора прибыли семь лучших воспитанников иеромонаха Тимофея. Осенью того же года за три месяца в Богоявленском монастыре было выстроено деревянное здание для школы Лихудов, учеников которых к декабрю насчитывалось уже 28 человек.[375]
Появление у Лихудов во второй половине 1685 г. собственных учеников и школьного здания означало, что их деятельность (вследствие противоборства, оказанного Медведвым) обособлялась от планов создания Академии, поскольку
Об этом же косвенным образом свидетельствовало то, что в сводчатом зале, предназначенном для публичных актов и диспутов, был помещен портрет царя Федора Алексеевича[377] – т. е. именно покойный царь должен был почитаться в качестве основателя Академии, как об этом и было записано в тексте «Привилегии». Поэтому несомненно, что планирование академического здания в 1685 г. происходило с участием Медведева и он в это время продолжал надеяться на утверждение Софьей своего проекта. В организации работ по возведению огромного для своего времени трехэтажного корпуса Академии с галереями и звонницей принимал участие глава правительства царевны Софьи, князь В. В. Голицын,[378] что еще раз, в полном соответствии с духом «Привилегии», подчеркивало государственный характер этого дела. Тогда же Сильвестр Медведев поспешил закрепить заслугу Федора Алексеевича как создателя Московской Академии в надписи на портрете у гробницы царя в Архангельском соборе Кремля.[379]
Но начиная с октября 1686 г. в документах Приказа книгопечатного дела обнаруживаются записи о выделении средств на «строение каменных школ» (затем – на «достроение каменных школ»), и адресованы они не Медведеву, а архимандриту Богоявленского монастыря Афанасию.[380] В ноябре же 1687 г. «по указу святейшего патриарха Богоявленского монастыря греколатинские школьные учители иеромонахи Иоанникий да Софроний с учениками с иеродиаконом Дионисием с товарищи переведены в Спасской монастырь, что за Иконным рядом, в новые каменные школы».[381]
Это означает, что за 1686—87 гг. Сильвестр Медведев потерял контроль над строительством Академии, а задуманное им здание досталось школе Лихудов. Объяснить это можно тем, что именно в 1686 г. между ним и патриархом Иоакимом началась открытая вражда: действительно, как раз в конце 1685 – начале 1686 г. Медведев издал трактат «Хлеб животный», с появления которого начался яростный богословский спор (его предметом было учение о времени пресуществления святых даров) между «латинствующими» и «грекофильствующими», где патриарх принял сторону последних.[382] В результате Иоаким решил полностью отказаться от поддержки планов Медведева, а значит, и от реализации «Привилегии на Академию».[383]
Тогда же закрылась и руководимая Медведевым Спасская школа, ученики которой были присоедены к ученикам Богоявленской школы Лихудов, а также приданным сюда же ученикам из Типографской школы иеромонаха Тимофея, и все вместе они поселились в здании «новых каменных школ». После слияния названных школ к концу 1687 г. под руководством Лихудов обучалось более 100 учеников. По историографической традиции эти события считают началом существования Славяно-греко-латинской академии в Москве, хотя в настоящее время Б. Л. Фонкич предложил отсчитывать ее открытие от поступления к Лихудам первых учеников Типографской школы, т. е. с 1 июля 1685 г.[384]