Наиболее важными статьями «Акта», вводившими принципы автономии, были п. 3, касавшийся права университета самому, «обще с кураторами» управлять своими доходами, представляя ежегодный отчет в министерство через «члена-попечителя»; п. 6, даровавший автономный университетский суд («внутреннюю расправу») для всех преподающих, учащихся или служащих в университете и членов их семей по всем их касающимся гражданским делам и «долговым претензиям» (уголовные же дела университет после предварительного разбирательства должен был препровождать туда, «куда следует преступник», но с письменным мнением университета по данному делу); наконец, п. 9, согласно которому все должности в университете избирались Советом университета, после чего ректор поступал на высочайшую конфирмацию, а профессора, учителя и прочие чиновники через «члена-попечителя» – на утверждение министра народного просвещения. В Акте также было прописано право собственной университетской цензуры, освобождение университетских домов от постоя, льготы для иностранных профессоров при пересечении границы Российской империи, пенсии вдовам и сиротам профессоров. В п. 13 впервые законодательно закреплялась льгота, которая войдет во все последующие Утвердительные грамоты российских университетов как звание «заслуженного профессора» – через 25 лет университетской службы полный оклад профессора обращался ему в пожизненную пенсию, «которой он может пользоваться, где сам за благо изберет». Жалование же профессорам согласно п. 12 устанавливалось в 2000 руб., что в более чем в два раза превышало жалование профессоров Московского университета рубежа XVIII–XIX вв. Не менее важным оказался и п. 15 – им была наконец законодательно реализована идея Плана 1787 г., поддержанная Комитетом 18 марта 1802 г., о соответствии ученых степеней и должностей классным чинам. Поскольку Дерптский университет, следуя немецкой традиции, зафиксированной и в статутах 1799 г., выдавал две степени – доктора и магистра, то им присваивались соответственно 8 и 9 классы, профессорам (что уже фигурировало в законодательстве XVIII в.) – 7 класс, ректору в период пребывания в должности – 5 класс. Студенты, «отличившиеся по одобрению факультета успехами в науках», числились в 14 классе и с ним поступали на гражданскую службу. В «Акте» также была прописана норма, впервые прозвучавшая в указе Александра I от 5 января 1802 г. о том, что пребывание в Дерптском университете в течение трех лет является обязательным условием для поступления на службу в прибалтийских губерниях на должность, «требующую юридических познаний». Тем самым, правительство заботилось о повышении престижа университетского аттестата и желало воспитывать образованных чиновников даже принудительными мерами. Аналогичная норма была включена и в Предварительные правила 1803 г. и в конечном счете в 1809 г. привела к появлению знаменитого указа «об экзаменах на чин», подготовленного M. М. Сперанским.
Итак, суть преобразования Дерптского университета, осуществившегося в конце 1802 г., главным образом, по «вине» профессора Г. Ф. Паррота, можно трактовать двояко. С одной стороны, эстонский исследователь В. Тамул совершенно правильно отмечает, что в результате основанный остзейским дворянством местный университет (Landesuniversit"at) был затем интегрирован в структуру управления Российской империи и превратился в Императорский, т. е. российский университет (Reichsuniversit"at).[926] Очень характерной иллюстрацией этого тезиса служит то, что 9 декабря, т. е. даже еще до окончательного подписания «Акта постановления», министр П. В. Завадовский направил дерптским кураторам предписание подчиняться министерству народного просвещения и подавать туда отчеты. «Паррот искусно сумел достичь согласия с господствующей в правительстве тенденцией. Его интерес заключался в как можно более широком самоуправлении университета; интерес правительства – во включении университета в охватывающую всю империю учебную систему и его подчинение новосозданным центральным органам»[927].