Не было разработано и документов по организации взаимодействия между силами базы и прикрывавшей ее с сухопутного направления 67-й стрелковой дивизией генерал-майора Н.А. Дедаева, что наложило свой негативный отпечаток на ход боевых действий в этом районе.
Сильно были укреплены острова Моонзундского архипелага, входившие в береговую оборону Балтийского района (командир — генерал-лейтенант А.Б. Елисеев, военком — бригадный комиссар Г.Ф. Зайцев, начальник штаба — подполковник А.И. Охтинский). Группа островов этого архипелага (Сааремаа, Хийумаа, Осмуссаар, Муху) занимала важное стратегическое положение. Установленные на них батареи береговой обороны, многочисленные бухты, предназначенные для размещения боевых кораблей, создавали благоприятные условия для контроля за судоходством в этом районе морского театра и позволяли надежно закрыть входы в Рижский и Финский заливы от проникновения в них кораблей противника.
На островах базировались отряд эскадренных миноносцев под командованием капитана 2 ранга С.Д. Солоухина, 2 сторожевых корабля, 6 торпедных катеров, несколько тральщиков и других судов флота и пограничных морских сил. Воздушное прикрытие осуществляли одна эскадрилья 71-го полка и 12-я отдельная истребительная авиационная эскадрилья. На островных аэродромах базировались одна эскадрилья 57-го авиационного полка, 15-я и 85-я морские эскадрильи ближних разведчиков.
К началу войны на островах размещались части 3-й отдельной стрелковой бригады (командир — полковник П.М. Гаврилов) и батальон 16-й стрелковой дивизии из состава войск Прибалтийского Особого военного округа, 69-й отдельный пулеметный батальон, пограничные, инженерные и строительные подразделения. Всего гарнизон Моонзундских островов насчитывал 23 663 человека, имел на вооружении 142 орудия береговой, полевой и зенитной артиллерии, 795 пулеметов.
Штаб береговой обороны Балтийского района размещался на острове
Всего на острове Сааремаа находилось шесть батарей береговой обороны, насчитывавших 23 орудия калибра 100–180 мм. К середине августа 1941 года были дополнительно установлены еще четыре береговые батареи (8 орудий калибра 100–130 мм) в районах Талику, Кейгусте и на островах Муху (Моон) и Абрука.
Противовоздушную оборону острова осуществляли пять, зенитных батарей, имевших на вооружении 76-мм зенитные орудия, которые располагались в различных местах (батарея капитана В.Г. Дроздова в районе Кихельконна, остальные — в районе Карузе, Когула и на полуострове Сырве).
На острове Хийумаа (Даго) был создан Северный укрепленный сектор береговой обороны Балтийского района (комендант — полковник А.С. Константинов, военком — полковой комиссар М.С. Биленко, начальник штаба — полковник П.В. Савельев).
На острове в разных стадиях строительства находилось еще шесть береговых батарей, но, к сожалению, к началу боевых действий их так и не успели ввести в строй. Сухопутную оборону обеспечивали два батальона и артиллерийский дивизион 3-й отдельной стрелковой бригады, два инженерных батальона. Противовоздушную оборону осуществляли две зенитные батареи, имевшие на вооружении 76-мм орудия. Гарнизон острова насчитывал около 5000 человек.
24, Стационарная открытая …… 4 … 130 … М. Каырусе … Капитан Шелков С.М.
25, Стационарная открытая …… 4 … 130 … Мыс Ундва … ст. лейтенант Зинов А.С.
43, Стационарная открытая …… 3 … 130 … П-ов Кюбассаар … ст. лейтенант Букоткин В.Г.
49, Стационарная открытая …… 4 … 100 … Мыс Паммана … Данные не установлены
315, Башенная …… 4 … 180 … Мыс Сырве … Капитан Стебель A.M.
317, Башенная …… 4 … 180 … Мыс Ни-насте … Ст. лейтенант Османов Д.
1, Стационарнаяоткрытая …… 2 … 152 … Бухта Кейгусте … В строй не введена
б/н, Стационарная открытая …… 2 … 152 … Бухта Лыу … В строй не введена
б/н, Стационарная открытая …… 4 … 180 … П-ов Хундсорт … В строй не введена
б/н, Стационарная открытая …… 3 … 305 … П-ов Сырве … В строй не введена
12, Стационарная открытая …… 3 … 152 … Район Кярдла … Капитан Корзун Г.А.