Богословский факультет под председательством Воэта постановил принять решительные меры. Студентам богословия запрещено было посещать лекции Региуса, и Воэт добился от городского сената, чтобы Региусу запрещено было читать приватные курсы физики, читавшиеся им кроме обычного курса медицины. Но несравненно важнее было поразить скрывавшегося за спиной Региуса Декарта. Одно время Воэт рассчитывал возбудить против «атеиста и иезуита» католическое духовенство, не дружившее вообще с иезуитами, и обратился за содействием к
В то время, когда философия Декарта в Голландии переживала еще свой медовый месяц, когда он был еще «Атласом и Архимедом», а Региус с радостью извещал его о своих победах на диспутах, Декарт получил известие, что в Парижской иезуитской коллегии один из профессоров, Бурден, высказался на диспуте против его взглядов. Это известие привело Декарта в ужас. Близкое знакомство с орденом только усилило его страх перед могуществом и влиянием иезуитов. Он верил в сплоченность и дисциплину ордена и теперь был убежден, что Бурден выступил против него с одобрения и по решению начальства. Ему представилось, что весь могущественный орден ополчается против него, что теперь время от времени орден, ведя систематическую борьбу, будет выставлять против него оппонентов. Такому положению дел Декарт готов был предпочесть все, что угодно, и он решился на отчаянное средство – вызвать на бой сразу весь орден. В письме к ректору Парижской коллегии он жаловался на поступок Бурдена, выступившего против него публично вместо того, чтобы по-христиански наставить его частным образом на путь истины, высказывал свое убеждение, что за Бурденом стоит весь орден, и просил поэтому орден раз и навсегда сформулировать свои возражения, чтобы он мог себе выяснить, какие положения его философии признаются ошибочными и ложными. Ректор не счел нужным собственноручно ответить какому-то писаке и поручил Бурдену написать, что в его полемике с Декартом орден никакого участия не принимает. Последний прибавлял, что пришлет Декарту свое подробное возражение. Заявлениям Бурдена Декарт не поверил и провел несколько лет то в восторгах по поводу того, что его похвалил какой-нибудь иезуит, то в страхе, когда ему сообщали, что какой-нибудь иезуит высказался против него. В проектировавшейся Декартом борьбе против иезуитов он предполагал сражаться их же оружием – схоластической диалектикой и счел поэтому нужным освежить в своей памяти схоластические курсы философии. Оказалось, что он так основательно забыл то, чему учился в коллегии, что не помнил даже названий учебников и принужден был просить Мерсенна снабдить его указаниями. Декарт предполагал даже, выбрав лучший из схоластических курсов философии, выпустить его в свет со своими критическими замечаниями. План этот, к сожалению, не был осуществлен: состоявшееся впоследствии примирение с иезуитами отклонило Декарта от всяких планов борьбы.