Переезд свой в Голландию Декарт обставил рядом предосторожностей. Он тогда уже интересовался медициной и начинал руководствоваться гигиеническими правилами, игравшими потом в его жизни немаловажную роль. Теплый климат Парижа он считал для себя вредным, тем более, что по его убеждению он страдал «горячностью печени»; воздух Парижа при этих условиях содержал в себе для него «очень тонкий и весьма опасный яд, поддерживавший в нем тщеславие и порождавший в его мозгу химеры». В этом Декарт убедился, когда принялся писать в Париже «О Божестве». Но, прежде чем переехать в Голландию, Декарт счел нужным приучить себя к более холодному климату и провел целую зиму в неизвестной нам местности на севере Франции. Затем Декарт избрал своим девизом: «Qui bene latuit, bene vixit» (счастлив тот, кто прожил свою жизнь скрытым от всех) и в течение двадцати лет своего пребывания в Голландии пятнадцать раз менял место своего жительства. Жил он большею частью в предместьях больших городов или в деревне, тщательно скрывая свой адрес от своих корреспондентов. Из французских друзей адрес Декарта был известен только Мерсенну, который был возведен в звание «резидента Декарта во Франции», как называли доброго францисканского монаха шутники. Все письма, предназначавшиеся для Декарта, посылались Мерсенну, и он уже доставлял их адресату. На Мерсенне лежала также обязанность уведомлять Декарта обо всех новостях из научного мира, и Мерсенн, бывший в переписке со всеми крупнейшими учеными эпохи: Галилеем, Гассенди, Гоббсом и другими, соединявший в своем лице роль «Академии наук» и научного органа печати, добросовестно исполнял эту обязанность. На ответных письмах Декарт вместо действительного своего места жительства всегда проставлял какой-нибудь крупный центр, чтобы лишить своих корреспондентов возможности не только узнать его адрес, но и проверить точность его показаний. Девиз свой Декарт осуществил с таким успехом, что некоторые французские ученые, путешествовавшие по Голландии и желавшие видеться с Декартом, никак не могли его разыскать. Оградив себя таким образом от надоедливых посетителей, Декарт не был, однако, совершенно одинок. Он завязал связи со многими голландскими государственными деятелями и учеными, и это обстоятельство имело потом большое влияние на распространение его теорий в Голландии.
Первое время Декарт продолжает работать над начатым в Париже трактатом «О Божестве», но, несмотря на перемену климата, работа у него идет неуспешно, он забрасывает ее и переходит к естественнонаучным занятиям. Любопытный феномен, наблюдавшийся в Риме в 1629 году и состоявший в появлении вокруг Солнца пяти ложных солнц (паргелиев), – о чем сообщил Декарту Мерсенн, – опять оживляет в нем интерес к оптике и направляет на изучение радуги, так как Декарт совершенно правильно ищет причину паргелиев в явлениях преломления и отражения света. От оптики он переходит к астрономии и медицине – точнее, к анатомии. Высшая цель философии состоит, по его мнению, в принесении пользы человечеству; он дорожит в этом отношении особенно медициной и химией и ожидает блестящих результатов от приложения к этим наукам математического метода. Анатомию Декарт изучает не по атласам и книгам, а сам анатомирует в большом числе животных. Изучение естественных наук при помощи самостоятельных исследований было так мало распространено в то время (не привилось оно еще вполне и в нашей школе, сохранившей много остатков схоластики, и теперь еще можно встретить «психологов», знакомых с нервной системой «по атласу»…), что анатомические занятия Декарта вызвали рад насмешек. Между прочим, распространился слух, будто Декарт «ходит по деревням и присутствует при убое свиней». Добродушный Балье энергично протестует против этой клеветы и заявляет, что Декарт никогда с этой целью по деревням не ходил. Но, проживая в Амстердаме, он всякий день (а в других местах – часто) отправлялся на бойню, рассматривал органы только что убитых животных и некоторые органы, более его интересовавшие, заставлял приносить себе на дом для более обстоятельного изучения.