Скитания продолжались. В 1620 году Декарт посещает венский двор и осенью догоняет свою армию, успевшую между тем дать решительное сражение и войти в Прагу. В чешской столице Декарта интересует знаменитая коллекция астрономических инструментов Тихо Браге, которую император Рудольф оберегал с такой скупостью, что не давал ею пользоваться даже великому Кеплеру. Но в период пребывания Декарта в Праге их уже не существовало: они были разбиты и уничтожены во время междоусобиц, терзавших Чехию.
Зиму 1620 года Декарт проводит на квартирах в южной Чехии, а весной 1621 года отправляется в Венгрию с армией графа Букоя, выступившей против Бетлена Габора, союзника чешских протестантов. Война окончилась неудачей, граф Букой был убит, и Декарт решил бросить военную службу. «Он говорил впоследствии, – замечает Балье, – о годах своей военной службы с холодностью и равнодушием, из которых всем было ясно, что на проделанные им кампании он смотрел как на простые путешествия, а на офицерский мундир как на паспорт, дававший ему доступ в интересные места». Из Венгрии он отправился в Силезию, присутствовал на собрании государственных чинов в Бреславле, затем через пограничные местности Польши проехал в Померанию, посетил берега Балтийского моря и через Штеттин отправился в Бранденбург и Голштинию. Отсюда он в ноябре вернулся в Голландию. Последняя поездка едва не стоила Декарту жизни. Ввиду предстоявшего ему короткого переезда морем он нанял для себя и своего слуги отдельное судно. Матросы заподозрили в Декарте богатого купца и, полагая, что он не знает фризского наречия, спокойно совещались в его присутствии о том, как его убить и ограбить. Положение было отчаянное. Декарт вынул шпагу и громовым голосом объявил, что проколет первого, кто осмелится к нему подойти. Мегеффи скептически относится к сообщению Балье, сделанному на основании рассказов самого Декарта, тем более, что во время пребывания своего в Бреде Декарт не мог познакомиться с фризским наречием. С психологической точки зрения в рассказе Балье ничего невероятного нет, даже если принять во внимание всю несомненную робость Декарта. Робкие люди в положениях, кажущихся им безвыходными, не прочь бряцанием оружия обратить в бегство действительных или воображаемых врагов. В истории полемики Декарта мы не раз будем встречаться с аналогичным приемом.
В Голландии Декарт провел несколько месяцев. Здесь его жажда «видеть дворы» могла быть вполне удовлетворена: в Гааге было тогда целых три двора – двор Генеральных штатов, состоявший, выражаясь современным языком, из парламентских деятелей, военный двор штатгальтера и двор злополучного чешского «короля на час», курфюрста пфальцского, Фридриха V. Дочь курфюрста, будущая ученица Декарта, принцесса Елизавета, была тогда еще маленькой девочкой. Из Голландии Декарт отправился в Брюссель, где посетил двор инфанты Изабеллы, и в марте 1622 года вернулся, наконец, в Ренн к своему отцу, которого не видел девять лет.
Здесь, в маленьком провинциальном городе, Декарт провел около, года, не решаясь отправиться в Париж, где тогда свирепствовала чума, и занялся устройством своих имущественных дел. Отец выделил ему приходившуюся на его долю часть материнского наследства, и Декарт стал подумывать о продаже своих земель. В 1623 году он отправился в Париж.