С точки зрения К. Маркса, религия играет негативную роль как раз в силу того, что она служит фактором социальной интеграции и помогает господствующим классам поддерживать стабильность общества, тогда как историческая необходимость требует его революционного переустройства посредством классовой борьбы. Религия оправдывает существующий строй, примиряет с ним. Вместо того чтобы пробуждать критическое отношение, она внушает смирение. Так, христианская вера в посмертное воздаяние внушает смирение и терпение бедным и бесправным. В Индии поддержанию кастового строя служила вера в перевоплощение, вера в то, что после смерти душа человека переселяется в другое материальное тело. Если он соблюдает кастовые правила - это главное требование, - он воплотится в человека более высокой касты, если нет - может даже обратиться в животное.
Прямо противостоит функционализму взгляд, согласно которому общество состоит из групп с эгоистическими интересами и не существует ценностей верований, которые обеспечивали бы единение и стабильность всего общества. Общество характеризуется конфликтами, насилием, борьбой между различными группами за власть. Стабильность возможна лишь как временное равновесие, Ключевым фактором формирования социальных отношений являются эгоистические групповые интересы. Религиозные группы - одно из звеньев системы, в которой противостоят, сталкиваются интересы враждующих сил. Наличие общих верований рассматривается как относительно малозначащее обстоятельство для их социальной интеграции, а религиозные различия - как чисто внешнее оформление более глубоких конфликтов. Примером может служить преследование евреев в христианских странах, в основе которого лежал экономический фактор, конфликтные отношения между протестантами и католиками в Ирландии, борьба ортодоксии с "ересями" и т. д. Когда этнические и классовые различия переплетаются с религиозными, конфликты приобретают особую остроту. По внешнему проявлению религиозные конфликты могут маскировать столкновения на этнической или классовой основе. В тех случаях, если экономические интересы и этнические связи способствуют единению общества, религиозные различия могут служить единственным символом дифференциации. Привычка видеть в представителях других религиозных групп врагов может усиливаться или ослабляться в зависимости от многих конкретных обстоятельств.
Наряду с межрелигиозными религия вызывает конфликты, связанные с ее существованием в светском обществе. Например, нередки случаи, когда система религиозных ценностей противопоставляется системе светских ценностей как единственно заслуживающая уважения. Религиозная приверженность может приводить к конфликту между следованием требованиям веры и законам. На примеры такого рода указывают сторонники теории конфликта, с тем чтобы показать, что религиозное поведение подчиняется общему правилу: всякое поведение руководствуется эгоистическими интересами.
И в самом деле, конфликт может быть функциональным с точки зрения интересов внутригрупповой интеграции, источником единения внутри религиозной группы. Поэтому некоторые группы культивируют конфликт с внешним миром; чем сильнее отгороженность от него, тем прочнее внутренняя сплоченность. Вражда к "чужим" создает чувство общности, побуждает искать опору только у "своих". Таким образом, оказывается, что социальный конфликт и социальная интеграция могут выступать как две стороны одной медали и должны рассматриваться в связи между собой.
Конфликты существуют не только между религиозными группами, но и внутри них. Социальное поведение внутри групп часто является результатом стремления индивидов к удовлетворению эгоистических интересов, и в ходе борьбы за власть, привилегии, престиж возникают конфликты. Например, в большинстве религиозных групп (это относится к ортодоксальному иудаизму, так же обстоит дело в православии, в католической церкви, в большинстве протестантских конгрегации, в исламе) доминирующая роль принадлежит мужчине, женщина не может быть священнослужителем. Другой типичный конфликт между клиром и мирянами. Он связан и с таким социальным обстоятельством, что духовенство в большинстве обществ, принадлежит к привилегированным слоям.
В современном обществе религиозная жизнь отмечена конфликтом между консерваторами-традиционалистами и модернистами, сторонниками религиозного обновления и реформ. Как правило, борьба между ними выходит за рамки чисто теологического спора и отражает неоднородность духовенства его социально-политической ориентации.