Организация СС была еще более активным участником в совершении военных преступлений и преступлений против человечности. Благодаря своему контролю над организацией полиции, в частности полиции безопасности и СД, организация СС участвовала во всех преступлениях, которые были описаны в том разделе приговора, который относится к гестапо и СД. Другие отделы СС были также в равной степени причастны к этой преступной программе. Имеются доказательства того, что расстрел невооруженных военнопленных был обычным явлением в некоторых дивизиях войск СС.
1 октября 1944 года охрана военнопленных и интернированных лиц была передана в ведение Гиммлера, который, в свою очередь, передал дела о военнопленных обергруппенфюреру СС Бергеру и обергруппенфюреру СС Полю.
Ведомство СС по вопросам расы и поселений вместе с фольксдейчмиттельштелле проявляли активность в осуществлении планов германизации оккупированных территорий в соответствии с расистскими принципами нацистской партии и были причастны к депортации евреев и других лиц не немецкой национальности. Подразделения войск СС и эйнзатцгруппы, действовавшие непосредственно под руководством главного управления СС, использовались для осуществления этих планов.
Эти подразделения были также замешаны в широко распространенных убийствах гражданского населения и в жестоком обращении с ним на оккупированных территориях. Под предлогом борьбы с партизанскими отрядами подразделения СС уничтожали евреев и лиц, которых СС считала политически нежелательными; их отчеты свидетельствуют об уничтожении огромнейшего числа людей. Дивизии войск СС ответственны за множество убийств и зверств на оккупированных территориях, как, например, за резню в Орадуре и Лидице.
Начиная с 1934 г. СС была ответственна за охрану концентрационных лагерей и управление ими. Представленные доказательства не оставляют сомнения в том, что постоянное зверское обращение с заключенными концентрационных лагерей являлось результатом общей политики, проводимой СС и состоявшей в том, что заключенные лагерей рассматривались как представители низших рас, на которых следовало смотреть с презрением.
Имеются доказательства того, что в тех случаях, когда это позволял наличный состав членов СС, Гиммлер стремился к тому, чтобы состав охраны батальонов постоянно сменялся с тем, чтобы все члены СС прошли инструктаж по поводу тех методов, которые необходимо применять по отношению к представителям низших рас. После 1942 г., когда концентрационные лагери были переданы в ведение ВФХА183, они использовались как источник рабской рабочей силы. 18 сентября 1942 г. было заключено соглашение с министром юстиции, по которому все антиобщественные элементы, которые отбыли срок своего тюремного заключения, должны были передаваться в распоряжение СС для умерщвления их непосильным трудом.
Полиция безопасности и СД и даже войска СС постоянно использовались для обеспечения работ, проводимых СС в концентрационных лагерях, нужной для этого рабочей силой. В связи с тем, что концентрационные лагери находились в ведении СС, она начала целую серию экспериментов над людьми, используя для этого военнопленных и заключенных концентрационных лагерей. Эти эксперименты включали замораживание до смерти и убийства отравленными пулями. СС сумела получить правительственные фонды для исследований подобного рода на том основании, что члены этой организации имели доступ к человеческому материалу, который не был доступен другим организациям.
СС играла особенно значительную роль в преследовании евреев. СС принимала непосредственное участие в демонстрациях 10 ноября 1938 г. Вывоз евреев из оккупированных территорий проводился под руководством СС и при содействии частей полиции СС. Центральные организации СС руководили операциями по истреблению евреев. Фактически это проводилось в жизнь соединениями СС.
Эйнзатцгруппы принимали участие в массовой резне евреев. В этих мероприятиях были замешаны также полицейские части СС. Например, резня евреев в варшавском гетто проводилась под руководством бригаденфюрера СС и генерал-майора полиции Штрупа. Специальная группа, выделенная из центральной организации СС, распоряжалась вывозом евреев из различных государств-сателлитов стран оси; истребление евреев проводилось в концентрационных лагерях, находящихся в ведении ВФХА (административно-хозяйственное управление).
Невозможно выделить какую-либо часть СС, которая не принимала бы участия в этой преступной деятельности. Общая СС являлась активным участником преследования евреев и использовалась для охраны концентрационных лагерей. Части войск СС непосредственно участвовали в убийствах военнопленных и зверствах, совершавшихся в оккупированных странах. Из личного состава частей СС создавались эйнзатцгруппы; части СС осуществляли командование над охраной концентрационных лагерей после того, как в их состав были включены части «Мертвая голова», под контролем которых первоначально находилась система охраны.