Нацистское преследование евреев в Германии до войны, хотя оно было жестоким и безжалостным, не идет, однако, ни в какое сравнение с политикой, проводимой во время войны в оккупированных территориях. Первоначально эта политика была схожа с той, которая осуществлялась и внутри Германии: все евреи должны были проходить регистрацию, их заставляли жить в гетто, они должны были носить желтую звезду, и их использовали для рабского труда. Летом 1941 г., однако, начали разрабатываться планы «окончательного решения» еврейского вопроса в Европе. Это «окончательное решение» означало уничтожение всех евреев, которое, согласно угрозам Гитлера, в начале 1939 г. должно было явиться одним из следствий разразившейся войны; для проведения в жизнь этой политики был организован специальный отдел гестапо, который возглавлял Адольф Эйхман, начальник отдела Б-4.
План уничтожения евреев был разработан вскоре после нападения на Советский Союз. Эйнзатцгруппы полиции безопасности и СД, созданные для того, чтобы сломить сопротивление населения территорий, лежащих в тылу германских армий на Востоке, получили задание уничтожить евреев в этих областях. Эффективность деятельности эйнзатцгрупп видна из того, что в феврале 1942 г. Гейдрих был в состоянии доложить, что Эстония уже была очищена от евреев и что в Риге число евреев снизилось с 29 500 до 2 500 человек. Всего эйнзатцгруппы, оперировавшие в прибалтийских странах, убили свыше 135000 евреев за 3 месяца.
Эти специальные отряды не действовали независимо от германских вооруженных сил. Имеются ясные доказательства того, что руководители эйнзатцгрупп сотрудничали с армейскими командирами. В одном случае взаимоотношения между эйнзатцгруппой и военными властями описывались как «очень близкие, почти дружеские», в другом случае успешный ход операций эйнзатцкоманды был приписан «пониманию проводимых мероприятий» военными властями. Части полиции безопасности и СД на оккупированных территориях Востока, находившиеся в ведении гражданской администрации, получили аналогичное задание. Обдуманный и систематический характер преследования евреев лучше всего иллюстрируется докладом бригадного генерала СС Штрупа, на которого была возложена ответственность за уничтожение гетто в Варшаве, фактически проведенное в жизнь в 1943 г. Этот отчет был представлен Трибуналу в качестве доказательства и был иллюстрирован фотографиями, и на его первой странице была сделана надпись: «Еврейское гетто в Варшаве больше не существует». Этот том содержит ряд отчетов, посланных Штрупом высшему руководителю СС и полиции на Востоке. В апреле и мае 1943 г. в одном из отчетов Штруп писал: «Сопротивление, которое оказывали евреи и бандиты, могло быть подавлено лишь в результате сильных боев наших отрядов, не прекращавшихся ни днем, ни ночью. Поэтому рейхсфюрер СС приказал 23 апреля 1943 г. очистить гетто, применяя крайнюю жестокость и проявляя беспощадное упорство. Было решено уничтожить и сжечь все гетто, невзирая на то, что там имелись военные заводы. С этих заводов мы систематически вывозили оборудование, а затем сжигали их. Обычно евреи выходили из тех мест, в которых они скрывались, но часто они оставались в горевших зданиях и выпрыгивали из окон только тогда, когда жара становилась невыносимой. Тогда они «пытались, несмотря на переломы костей, переползать по улице в те здания, которые еще не были охвачены огнем. Жизнь в канализационных трубах не была приятной. Мы не раз слышали громкие голоса в канализационных трубах… Мы стали бросать туда в отдушины слезоточивые бомбы и таким образом выгнали евреев из канализационных труб и захватили их. Бесчисленное количество евреев было ликвидировано в канализационных трубах и бункерах во время взрывов, и чем дольше продолжалось сопротивление, тем более жестокими становились члены войск СС, полиции и вооруженных сил, всегда образцово исполнявшие свои обязанности».
Штруп говорит в своем отчете, что в результате его мероприятий в Варшаве уничтожено 56 065 человек. К этому мы должны добавить тех, которые были убиты во время взрывов, при пожарах и т. д., количество которых учесть невозможно.