Казалось, что на этом бой закончен, причем закончен победоносно, и адмирал Холси обеспечил США безусловное господство на море; хотя «Йорктаун» и был оставлен экипажем, «Саратога» и «Хорнет» не имели никаких повреждений. Господство американцев в воздухе означало и их господство в районе боевых действий, в связи с чем у Ямамото был только один путь — отступать. И именно тогда, когда авиагруппы американцев разворачивались к своим кораблям, Ямамото применил свой последний козырь: к месту сражения добрались наконец-то «Секаку», «Щорс», «Рихтгофен», «Комсомолец» и «Цепеллин».
Теперь ситуация с атакой «Хирю» повторилась с точностью до наоборот: слабое истребительное прикрытие «Хорнета» и «Саратоги» не смогло долго сопротивляться Bf-109, Як-1 и Накадзима A6M2-N. И уже японские Аичи D3A, немецкие Junkers-87С и советские Су-2 заходили на штурмовку сквозь яростный зенитный огонь.
Впрочем, в штабе Нимица не зря сомневались в возможностях немецких и советских летчиков воевать на море. Если пилоты «Графа Цепеллина» имели хотя бы минимальный опыт реальной атаки морских целей, а пилоты истребителей и у немцев, и у русских были асами, воевавшими друг с другом еще в небе Испании, то штурмовики «Рихтгофена», «Щорса» и «Комсомольца» оказались подготовлены явно недостаточно (а уж о боевой слаженности между эскадрильями разных стран и вовсе речи не шло) и дружно промазали мимо американских авианосцев. Четыре из пяти попавших в «Хорнет» и «Саратогу» бомбы сбросили японцы.
Подошедшие вторым эшелоном торпедоносцы Накадзима B5N с восходящим солнцем или крестами на крыльях[70] и Р10-Т со звездами тоже не смогли нанести серьезного ущерба: японцами были потоплены два эсминца эскорта — немцы и русские, упорно прорывались к основным целям, потеряв по две трети своих машин, все же смогли поразить «Саратогу» и «Хорнет». Каждому досталось по одной торпеде. На обоих авианосцах вспыхнули пожары, корабли потеряли часть хода, но, как и в случае с «Йорктауном» после первого налета, с повреждениями удалось справиться, и оба корабля даже смогли принять часть своих авиагрупп. Большинству самолетов, впрочем, пришлось совершить посадку на Мидуэй, поскольку Холси, опасаясь повторения атак, отдал приказ соединению отступать в Перл-Харбор.
«Акаги» и «Хирю» горели всю ночь, и к пяти утра экипажи покинули оба авианосца. Хотя они и остались на плаву, повреждения кораблей были чрезвычайно велики. Отбуксированные для ремонта, они так и простояли в доках до конца войны, а после заключения мира были сразу же сданы на слом. Впрочем, поскольку США не обладали точной информацией о степени их поврежденности, возможность их участия в последующих боевых действиях американцам, при составлении планов, приходилось учитывать, что довольно сильно сковывало их свободу действий.
«Йорктаун», оставленный 4 апреля в 15.00 оперативным соединением, после того как его покинул экипаж, на следующее утро был найден небольшим американским буксиром «Вирео», высланным на помощь авианосцу из Перл-Харбора. Авианосец все еще находился под охраной эскадренного миноносца «Хамманн», не покинувшего его до последнего, несмотря на серьезную опасность быть обнаруженным и уничтоженным. Огня на авианосце не было видно, крен не увеличился, непосредственная опасность гибели отсутствовала. Совершенно спокойно, будто бы поблизости и не находилось множество вражеских кораблей, «Вирео» высадил на борт «Йорктауна» аварийно-спасательную партию, закрепил буксирный трос и оттащил авианосец к Перл-Харбору. Во время награждения экипажа буксира в Белом Доме президент Рузвельт назвал этот эпизод «самой потрясающей наглостью в истории флота не только США, но и всего мира». Император Хирохито также высоко оценил доблесть этих моряков, наградив их после окончания войны высшими государственными наградами Японии.
Кто знает, удалась ли бы вообще эта спасательная операция или нет (скорее всего — нет), если бы ранним утром этого дня вновь не отличился экипаж субмарины «Наутилус». На самом рассвете подводная лодка, до этого успешно удравшая от эскорта подбитого «Сорю», буквально напоролась на соединение Такаги, торпедировала «Комсомолец», отчего тот затонул в течение получаса, и вновь была такова. Эта атака вынудила авианосцы, вместо поиска находящихся поблизости американских кораблей, поспешить убраться из опасного района.