Сильченко заявил, что Сергей может скрыться от следствия, и сослался на письмо из управления «К» ФСБ, в котором утверждалось, что Сергей якобы оформлял документы на получение визы в консульстве Великобритании в Москве и забронировал авиабилет в Киев. Представленные документы были чистой воды фабрикацией. Сергей ответил, что не подавал документы на визу, и это легко проверить, сделав запрос в консульство Великобритании. Затем привел аргументы, что бронирование билета в Киев является вымыслом, но судья перебил его на полуслове: «Вопреки доводам защиты, предоставленная суду органом следствия информация сомнений в своей достоверности не вызывает». Судья согласился со следствием и вынес решение о заключении Сергея под стражу, после чего его в наручниках вывели из здания суда и увезли в автозаке в неизвестном направлении. Там он провел десять дней. Потом его перевели в московский следственный изолятор номер пять, где ему предстояло провести не меньше двух месяцев.
По прибытии в изолятор Сергея поместили в камеру, где на восемь нар приходилось четырнадцать человек, поэтому заключенным приходилось спать по очереди. Свет горел круглые сутки. Очевидно, это было задумано с целью лишения арестантов сна. Возможно, Сильченко полагал, что через неделю борьбы за матрас с матерыми преступниками Сергей, человек с высшим образованием и налоговый юрист, будет сломлен и сделает все, что от него потребует следствие.
Он ошибался.
В последующие месяцы Сергея снова и снова переводили на новое место. Каждая следующая камера была хуже предыдущей. В одной не было отопления и стекол во фрамугах, так что в камеру проникал морозный воздух с улицы. По ночам было настолько холодно, что Сергей не мог спать. Дыра в полу, служившая туалетом, не была отделена от остальной части камеры. Нечистоты нередко поднимались из канализации и заливали пол. В другой камере единственная электрическая розетка была расположена рядом с напольной отхожей чашей, поэтому, чтобы согреть себе чаю, воду приходилось кипятить, стоя над смердящей клоакой. В третьей Сергей попытался прикрыть канализационный сток пластиковой бутылкой, но за ночь ее сгрызла крыса, а к утру пол был затоплен зловонной жидкостью так, что Сергею с сокамерником пришлось передвигаться по табуреткам и нарам, словно обезьянам.
Намного тяжелее физического дискомфорта оказались для Сергея психологические пытки, которым его подвергали в заключении. Сергей был заботливым семьянином, а Сильченко изощренно мучил его, отказывая в каком-либо контакте с семьей. Когда Сергей обратился с просьбой увидеться с женой и матерью, Сильченко ответил: «Предоставление вам свиданий с женой и матерью следствие считает нецелесообразным». Тогда Сергей обратился с просьбой разрешить ему поговорить по телефону с восьмилетним сыном. В ответ Сильченко сообщил: «Следствие полагает нецелесообразным разрешить вам телефонный разговор с сыном в силу малолетства последнего».
Сильченко также отказал Сергею в просьбе повидаться с тетей, указав, что «достоверными сведениями об этом родстве следствие не располагает».
Цель Сильченко была проста: вынудить Сергея отказаться от показаний против Кузнецова и Карпова. Но Сергей был тверд, и с каждым отказом Сильченко создавал ему все более невыносимые условия содержания, отрезая от прежней жизни и свободы, которая еще совсем недавно была частью этой жизни.
О нечеловеческих условиях содержания Сергея, полной изоляции от семьи и обращении со стороны Сильченко мы впервые узнали в январе 2009 года из судебного заседания, на котором судья вновь продлил срок содержания под стражей. Тогда же мы узнали, что Сергей решительно отказался менять показания, и перед нашими глазами начала открываться вся сила его духа.
Почти все январские новости были чрезвычайно мрачными, но всё же были и положительные моменты. После очередного перевода Сергей оказался в камере с одним армянином, которого обвиняли в краже. Тот ожидал суда и отчаянно нуждался в помощи, и Сергей, не имея под рукой никакой юридической литературы, сумел изложить убедительные доводы в защиту сокамерника. На суде его, как ни удивительно, оправдали и выпустили на свободу. Весть об этом быстро разлетелась среди заключенных, и Сергей неожиданно стал одним из самых уважаемых и оберегаемых людей среди арестантов следственного изолятора.