Для обеспечения взлета самолета была разработана специальная пусковая установка, состоящая из фермы с тремя направляющими рельсами, по которым должен был скользить самолет. В местах соприкосновения с направляющими концевые обтекатели крыла и нижняя часть киля самолета соответствующим образом усилены. При взлете ферма должна была устанавливаться под углом, близким к 90 градусов. Для облегчения закрепления самолета в направляющих ферма могла устанавливаться параллельно поверхности земли.
Предусматривалась следующая схема боевого использования самолета: в первое время после взлета самолет управляется по радио с земли; примерно за 2 км до цели управление переходит к летчику, который подводит истребитель вплотную к самолету противника и выпускает снаряды.
Так как основным требованием к конструкции этого уникального истребителя-перехватчика были способность вертикального взлета и чрезвычайно высокая скороподъемность, то для удовлетворения этим требованиям было решено сосредоточить все внимание на факторе скороподъемности в ущерб другим качествам, как, например, нагрузке на крыло в обычном полете и при посадке. По существу, проект полностью исключал возможность нормальной посадки, и первоначально даже предполагалось каждый раз жертвовать всем самолетом. В дальнейшем, однако, была предусмотрена возможность для пилота выбрасываться с парашютом после выполнения боевого задания, причем на парашюте же должна была спускаться вся задняя часть фюзеляжа самолета, несущая двигатель.
Летные испытания “Наттера” были начаты в декабре 1944 г. Первоначально проводились безмоторные исследования управляемости этого самолета, буксируемого бомбардировщиком “Хейнкель-111”, а 14 февраля 1945 г. были проведены первые испытания самолета в свободном полете: “Хейнкель-111” поднял “Наттер” на высоту 5500 м, после чего летчик-испытатель Ханс Цюберт взял управление на себя. Самолет перешел в пологое пикирование, при этом во всем диапазоне скоростей от 200 до 700 км/час его устойчивость в полете и управляемость были достаточно высоки. На высоте 900 м Цюберт привел в действие спасательный комплекс, после чего он сам и части его самолета были успешно доставлены на землю на парашютах.
Успех летных испытаний позволил перейти к следующему этапу испытаний — запуску самолета с пусковой установки. 25 февраля 1945 года четыре пороховые стартовые ракеты 109–533 “Шмидцинг” подняли самолет с манекеном вместо летчика в кабине в воздух, и по истечении 10 секунд отделились от самолета, произошло включение ракетного двигателя, самолет достиг заданной высоты и затем его части и манекен благополучно спустились на землю на парашютах.
Однако выполненный 28 февраля первый пилотируемый полет окончился трагически — на высоте примерно 450 м произошло отделение фонаря кабины летчика, самолет опрокинулся на спину и врезался в землю. Пилот-испытатель Лотар Зибер погиб.
Гибель Зибера не отразилась существенным образом на программе испытаний, и уже в марте были произведены три успешных пилотируемых запуска “Наттеров”. После этого было принято решение о прекращении испытаний и передаче самолета в серийное производство.