Река Лена доставляет ежегодно в авандельту и на шельф 5640 т основных техногенных загрязнителей (медь, железо, цинк, алюминий, хром, ртуть, марганец, магний), Нефтепродукты, хлориды, сульфаты, фосфаты, нитраты, фенолы, цианиды и флотореагенты составляют в сумме еще 177366 т. В бухте Тикси расположен самый крупный в Якутии морской торговый порт; в этом районе располагается один из очагов загрязнения шельфа моря Лаптевых. Средняя концентрация нефтяных загрязнителей в бухте Тикси составляет более 0.1 мг/г, причем в заливе Булункан концентрация нередко превышала 1.0 мг/г. Другой ощутимый источник загрязнения морских экосистем и донных осадков шельфа – вынос речных вод р. Лены. В воде устьевого участка протоки Быковская концентрация нефтяных углеводородов в течение года изменяется незначительно: в среднем от 0.02–0.04 мг/л в период зимней межени до 0,05–0.08 мг/л в летнюю межень. Наиболее высоким содержание нефтепродуктов было в годы интенсивного судоходства: в 1978 г. (1.30 мг/л – 26 ПДК) и 1979 г. (1.35 мг/л – 27 ПДК). В 1979 и в 2005 гг. было зарегистрировано и высокое придонное загрязнение (4 ПДК). В последующие годы наблюдений уровень загрязнений существенно снизился в связи с сокращением горно-промышленных разработок в Северной Якутии и уменьшением судоходства. Отмечено повышенное загрязнение снежного покрова и льда нефтепродуктами в зимнее время. Последующее таяние льда и снега приводит к загрязнению водной среды и донных осадков. Содержание растворенного в воде кислорода показывает, что в течение года эти величины близки к природным. Это подтверждает и состояние микроорганизмов в воде. Среднегодовая численность углеводородокисляющих бактерий в устье Лены изменяется от 1.5 до 0.32 млн кл/л. Сапрофитные бактерии меняют свою численность в течение года в среднем от 150 кл/л в апреле до 0.4 млн кл/л в январе. Максимальных значений сапрофиты достигают в летнее время, в период увеличения стока речных вод, богатых органическими веществами (Гуков,2001).