Осенью 1806 года в заливе Анива, на южной оконечности Сахалина, происходило первое вооруженное столкновение сторон. С русской стороны в нем участвовал экипаж небольшого фрегата «Юнона» под командованием лейтенанта Н.А. Хвостова. Весной следующего года Хвостов вновь появился у сахалинских берегов вместе с мичманом Г.И. Давыдовым, командиром шлюпа (тендера) «Авось». Дело вновь доходит до перестрелки с японцами, и русские моряки в бою «истребили» два японских селения.
По возвращении в порт Охотск командиры кораблей за свои своевольные действия против японских поселений были арестованы. Давыдов бежит из-под ареста в Якутск. Вскоре обоих морских офицеров доставляют в Санкт-Петербург, где суд оправдал их действия. Они отличились в Русско-шведской войне 1808—1809 годов и были представлены к награждению боевыми орденами. Но представления были отклонены «в наказание за своевольства против японцев». Два флотских товарища утонули в Неве в результате несчастного случая. Памятью о них осталось «Двукратное путешествие в Америку морских офицеров Хвостова и Давыдова» в 2 томах.
Второе по времени вооруженное столкновение русских с японцами произошло летом 1811 года, когда в плен на острове Кунашир был захвачен со своими спутниками капитан-лейтенант В.М. Головнин, выдающийся русский мореплаватель. Он возглавлял исследовательскую экспедицию, которая на шлюпе «Диана» отправилась из Русской Америки (Аляски) для более точного географического описания берегов южной части Курильской гряды и Шантарских островов.
Шлюп «Диана», построенный на отечественных верфях, был средним между фрегатом и корветом. «Диана» несла 14 медных пушек, 4 карронады для стрельбы с короткой дистанции и 4 небольших чугунных фальконета. Экипаж составлял 60 человек. В далекое, почти кругосветное плавание «Диана» уходила из Кронштадта в июле 1807 года на восток вокруг южной оконечности Американского континента, через пролив Дрейка. Главная цель экспедиции была исследовательская:
В мае 1811 года Головнин, только что произведенный в капитан-лейтенанты и награжденный за исследовательские труды орденом святого Владимира 4-й степени, решил начать географическое описание берегов Курильских островов. Вскоре шлюп «Диана» подошел к острову Кунашир, название которого в переводе с айнского означает «Черный остров». Действительно, черный вулканический пепел покрывал здесь всю землю даже в лесах.
В одной из кунаширских бухт оказались селение и небольшая крепость с японским гарнизоном и чиновником. Японцы избегали пришельцев, хотя меновая торговля началась между ними сразу же. Экипаж близ крепости набрал в бочки питьевую воду. Вскоре было получено приглашение посетить «главного начальника». На берег со шлюпа сошли Головнин, штурман Хлебников, мичман Мур, матросы Семенов, Макаров, Шкаев, Васильев и переводчик Алексей, свободно владевший айнским языком. Офицеры по такому случаю были при шпагах.
В крепости состоялась чайная церемония. Японский чиновник в шелковом халате и с железным жезлом в руках вел неторопливую беседу, расспрашивая о назначении экспедиции и обо всем, что с ней было связано. Аудиенция заканчивалась в «обстановке взаимопонимания». Далее кунаширские события разворачивались так, как их описал в своих сочинениях В.М. Головнин: