Вскоре Долорес стала получать удовольствие от работы в Министерстве так, как никогда прежде. Когда Министерство попало под контроль министра-марионетки, Пия Толстоватого, и наполнилось последователями Волан-де-Морта, Долорес наконец смогла почувствовать себя действительно в своей тарелке. Главные Пожиратели смерти оценили ее по достоинству: ведь с ними у Долорес было намного больше общего, чем когда-либо с Альбусом Дамблдором. Она не только сохранила свой пост, но даже приобрела новые полномочия: стала главой Комиссии по учету магловских выродков, что давало ей право вершить несправедливый суд, на котором она сажала в тюрьму всех маглорожденных волшебников за «кражу» волшебных палочек и магии.
Во время суда над еще одной невинной женщиной, Гарри Поттер напал на Долорес в самом сердце Министерства магии и украл у нее крестраж, который она носила и даже не подозревала о его свойствах.
После падения лорда Волан-де-Морта Долорес Амбридж была передана суду за пособничество его режиму и была признана виновной в пытках, лишениях свободы и смертях нескольких человек (некоторые невинные маглорожденные, которых она приговорила к Азкабану, не смогли выжить в камерах).