«Во время пребывания Андрея в выпускном классе произошел инцидент, едва не окончившийся исключением его из школы. Как-то во время молитвы после учения он складывал книги в портфель. На его беду последний урок вел „немец“, усердно искавший повода для придирок. Он не столько молился сам, сколько следил за поведением учеников во время молитвы. „Вы нарушаете благоговейное чувство класса, — заявил он ему по окончании молитвы. — Я сообщу директору“. Когда товарищ Андрея, Капустин (впоследствии физик, профессор Петербургского университета), пытаясь заступиться за него, сказал преподавателю, что благоговейное чувство класса не было нарушено, рассвирепевший учитель закричал: „Вы никакой адвокат! Ступайте в карцер!“ Педагог пожаловался директору, директор вызвал Андрея Григорьевича Маркова [отца] и заявил ему, что не потерпит у себя в гимназии „атеистов и нигилистов“. История умалчивает о средствах, к которым пришлось прибегнуть Андрею Григорьевичу, чтобы утишить гнев директора — тройного ренегата, несколько раз менявшего религию и в конце концов остановившегося на православии»[62].
«Это был человек открытый, прямой и смелый, никогда не изменявший своим убеждениям, всю жизнь яростно боровшийся со всем, что считал глупым и вредным. Его гражданское мужество было очень стойким: он не считался ни с лицами, против которых выступал, ни с последствиями, которые его выступления могли иметь для него самого. Когда ему возразили как-то на одно его предложение, что оно идет вразрез с „высочайшим постановлением“, он во всеуслышание сказал: „Я вам дело говорю, а вы мне — высочайшее постановление!“»[63].
Академик А. А. Марков вел непримиримую борьбу с реакционной политикой царского правительства. Так, в 1903 году письменным заявлением Марков отказывается от всех царских орденов. В 1908 году он заявляет, что не будет доносить о революционных настроениях студентов, как этого требовал циркуляр министерства просвещения.
В знак протеста по случаю отлучения «святейшим» синодом А. Н. Толстого от православной церкви академик А. А. Марков 12 февраля 1912 года подает в синод прошение об отлучении себя от церкви. Вот текст этого замечательного документа: