Тоннель изначально был рассчитан на пятьдесят лет эксплуатации. Однако уже в 1979 году водовод начал вызывать у специалистов беспокойство: в его бетонной «рубашке» появились трехсантиметровые трещины. В 1988 году в отдельных местах трещины достигали уже двадцатиметровой длины. Больше всего пострадала южная часть тоннеля. Дело в том, что на южном участке тоннель проходит через пласты аргиллитов, которые обладают свойством набухать при увлажнении или соприкосновении с влажным воздухом. Кроме набухающих глин, на тоннельную отделку действует горное давление и сейсмические нагрузки.
Тогда харьковский УкркоммунНИИпроект разработал проект строительства дублирующего водовода, который должен был пройти параллельно старому, длиной 7253 м. Проходку тоннеля планировалось выполнять в четыре этапа и сдать в эксплуатацию через 3,5 года. Намеревались возвести перемычки между новым и старым тоннелями, чтобы можно было направить воду по новому пути и приступить к ремонту старого. Первая перемычка должна была появиться на расстоянии 800 м от начала тоннелей, вторая — на расстоянии 2,6 км.
Но с распадом СССР финансирование было прекращено, и строительство заморозили. К 1995 году проходчиками Тульской строительной организации было пройдено всего 1615 м. Причем забетонировано было только 140 м, остальную часть нового тоннеля временно закрепили железобетонными тюбингами. Недостроенный тоннель стал медленно, но неуклонно разрушаться. Те, кто отвечал за водоснабжение Ялты, забили тревогу. Были созданы межведомственные комиссии с участием ведущих специалистов десятков ведомств, которые подтвердили: в незаконченном тоннеле
Что же предложили специалисты? В качестве временной меры было достаточно отремонтировать в недостроенном тоннеле 643 м временного крепления и «одеть» в железобетонную «рубашку» 1475 м водовода; после этого соединить его со старым и пустить воду в обход самого разрушенного участка. Ориентировочная стоимость этих работ — около 3 млн гривен. Для окончания же строительства нового водовода нужно было изыскать в госбюджете около 100 млн гривен.
Для гарантированного обеспечения Южного берега водой, была принята Комплексная программа социально-экономического развития Большой Ялты как курорта государственного значения. В программе предусматривался комплекс мер по строительству новых и реконструкции действующих объектов водообеспечения: реконструкция быстротока и наращивание плотины Загорского водохранилища, реконструкция водовода от Загорского до Счастливинского водохранилища, реконструкция Южного портала действующего тоннеля и завершение строительства нового, наращивание плотин Счастливинское-1 и Счастливинское-2, а также строительство Солнечногорского водохранилища и Зеленевского водохозяйственного комплекса.
В 2001 году, когда из госбюджета Украины в качестве субвенции было выделено 2,2 млн гривен, строители СУ-528 полностью освоили эти деньги, благодаря чему «одели» в бетонную «рубашку» еще 400 м выработки.
Однако устойчивое водоснабжение Большой Ялты в перспективе до 2005 года не могло быть гарантировано из-за отсутствия должного финансирования.
Пока ведется разработка альтернативных путей водоснабжения, Ялтинский водоводный тоннель все еще эксплуатируется. Сейчас сооружение находится в критическом состоянии, и, по отзывам специалистов, даже слабое землетрясение в три балла способно оставить Большую Ялту без воды.