Во время Великой Отечественной войны в Кизилташе располагалась база партизанского отряда» и здесь даже произошли два крупных сражения. С 1945 по 1950 год на территории монастыря опять работал санаторий Московского военного округа.
7 ноября 1950 года Президиум Верховного Совета РСФСР принял решение об организации в Кизилташском урочище базы хранения ядерного оружия. Расположение долины, огороженной от посторонних глаз горными отрогами, давало возможность создать надежную охрану секретного объекта. Хранилища боеприпасов могли быть оборудованы в толще скал. По расчетам специалистов, объект обеспечил бы сохранность «изделий» даже при близком ядерном взрыве мощностью до 10 Мт.
В 1951 году в Кизилташском урочище началось грандиозное строительство. Эшелоны везли сюда заключенных и оборудование, которое, возможно, было лучшим в Союзе. В пользу последнего говорит следующий случай: когда на небольшом подъемнике в надписи «Испытать 500,0 кг» стерлась запятая, установку испытали на 5000 кг. Она поскрипела, но выдержала! Строительство осуществлялось Главгорстроем — специальным строительным управлением МСМ, в котором руководящие должности занимали опытные землепроходчики ленинградского Метросгроя.
Первую партию заключенных в Кизилташ доставили затемно. Зэков посадили на землю и окружили машинами с включенными фарами. Вокруг возвышались крымские горы и шумел лес. Никто не спал в ту ночь, солдаты охраняли каторжников, а тем под страхом немедленного расстрела запрещено было вставать с земли. А с рассветом заключенные отправились строить для себя охранную систему…
Каждый каторжник был специально отобран для работы над объектом и имел, помимо опыта горнопроходческих, шахтных работ, еще и допуск по первой форме секретности. Кстати, после окончания строительства некоторые из зэков, отбыв срок заключения, остались на территории объекта и продолжили работу в обслуживающих подразделениях в качестве вольнонаемных.
Кизилташский лагерь первоначально имел только литерное название «ЕО», ИТЛ (исправительно-трудовой лагерь) «ЕО», затем был переименован в Гагаринское ОЛ (отделение лагерей), а потом в Гагаринский ИТЛ — Гагарлаг. Местами дислокации управления лагеря считались Симферополь (почтовый адрес — Симферополь, п/я ЕО-ЮЗ) и станция Айвазовская (ранее ст. Сарыголь Сталинской железной дороги).
Грузы для лагеря поступали через железнодорожную станцию Айвазовская, телеграфный адрес лагеря был: Феодосия, «Море». Этот лагерь относился к Главному управлению лагерей промышленного строительства МВД СССР (ГУЛПС МВД), которое занималось возведением объектов зарождающейся атомной отрасли.
Фактическая производственная деятельность лагеря скрывалась за строительством рудника, дизельной электростанции, бетонорастворного завода. Кодовое наименование стройки — «Строительство 712».
Когда работы развернулись в полную силу, лагерь насчитывал около двух с половиной тысяч человек, часть трудилась на устройстве территории и возведении сооружений, а другие — в штольнях. Гремели взрывы — так подготавливались площадки под наземные сооружения в скальном грунте. Работа в штольнях велась круглосуточно, ударными темпами, причем работали не за страх. Дело в том, что если заключенный сдавал 151 % нормы, ему засчитывался день за три. И естественно, они делали все возможное, чтобы сдать к концу дня заветные 151 %.
У заключенных была и зарплата. Правда, из небольшой суммы, которая шла к ним на счет, высчитывались деньги на питание и одежду, но по окончании срока, или с разрешения начальника, заключенный мог получить заработанные деньги.
И. Н. Качан, чье детство прошло на территории военного городка, который впоследствии назовут Феодосия-13, вспоминает в своем очерке «Гагарлаг в Кизилташе»: