Примерно в то же время Распутин познакомился с Иоанном Кронштадтским. По одной версии, о.Иоанн заметил Распутина в толпе в соборе, призвал к себе, благословил и сам попросил благословения, так сказать, определил себе преемника. По другой — а с Распутиным мы почти всегда имеем две версии — о.Иоанн, спросив его фамилию, сказал: «Смотри, по фамилии твоей и будет тебе». Распутин всю жизнь почитал о.Иоанна, и потому версия с благословением кажется более вероятной.
Распутин появился в Петербурге в смутное для церкви время. Расшатывание государственной системы, ускоренное неудачным ходом русско-японской войны, и все большее ослабление духовного влияния церкви ставили иерархов перед трудным выбором: поддерживать ли традиционную связь с государством или добиваться независимости. 12 декабря 1904 года царским указом был намечен ряд реформ, в том числе и установление свободы вероисповеданий. 17 марта 1905 года группа столичных священников во главе с митрополитом Санкт-Петербургским Антонием (Вадковским) опубликовала записку, что может создаться положение, когда свободой будут пользоваться все религиозные общества, но не «православная церковь, хранительница подлинной Христовой истины», что «только свободно самоуправляющаяся церковь может обладать голосом, от которого горели бы сердца человеческие», и что необходим созыв поместного собора для выбора патриарха. За созыв собора в Москве и восстановление патриаршества единогласно высказался Синод. Но против был обер-прокурор Синода К.П.Победоносцев, двадцать пять лет культивировавший идею «полицейско-православной церкви» и не желавший выпускать из рук государства столь могучее оружие. 31 марта Николай II наложил на докладе Синода резолюцию: «Признаю невозможным совершить в переживаемое ныне тревожное время столь великое дело…» «Тревожные времена» сменились еще более тревожными, в августе 1906 года вопрос о соборе был поставлен снова — и снова отложен. Собрался он только в августе 1917 года, а патриарх был выбран в ноябре — уже после большевистского переворота. Так что к величайшему испытанию в своей истории русская церковь подошла без всякого опыта самостоятельности.
Можно понять, что в 1904-05 годах, когда кризис церкви обнажился, многие иерархи — и сторонники, и противники реформ — стали искать сближения со своей паствой, пристальнее смотреть на духовные поиски среди народа, на тех, кто выдвигался из его среды, — этим объясняется быстрый успех Распутина в церковных сферах. Наиболее пылким его поклонником и покровителем стал Феофан — для этого аскета, принявшего монашество студентом академии и не знавшего жизни вне ее стен, Распутин явился своего рода откровением, только позднее разглядел он в нем черты, которые его отшатнули. Дар Распутина привлек не только Феофана. Вырубова видела, как «старец сидел между пятью епископами — все образованные и культурные люди. Они задавали ему вопросы по Библии и хотели знать его интерпретацию глубоких мистических тем. Слова этого совершенно неграмотного человека интересовали их…».
Была еще причина, привлекшая к Распутину внимание иерархов, в частности епископа Гермогена (Долганева), архимандрита Феофана (Быстрова) и иеромонаха Илиодора (Труфанова). Национально-консервативные круги были озабочены появлением при дворе иностранцев, имевших мистическое влияние на царя и царицу. «По рассказам, верность которых документально доказать я, однако, не берусь, — пишет М.В.Родзянко, — состоялось тайное соглашение высших церковных иерархов в том смысле, что на болезненно настроенную душу молодой императрицы должна разумно влиять православная церковь… бороться против влияния гнусных иностранцев… Епископ Феофан полагал несомненно, что на болезненные душевные запросы молодой императрицы всего лучше может подействовать простой, богобоязненный, верующий православный человек ясностью, простотой и несложностью своего духовного мировоззрения… что богобоязненный старец, каким он представлял себе Распутина, именно этой ясной простотой вернее ответит на запросы государыни». Матрена Распутина пишет, что Феофан, Гермоген и Илиодор, зная склонность царя и царицы к «Божьим людям», хотели использовать ее отца при дворе в интересах Союза русского народа.