Однако политическая полиция почувствовала изменения наверху, и 5 июня — в день назначения нового министра — его товарищу Джунковскому, тоже из «клики Эллы», был направлен Московским охранным отделением отчет о мартовском дебоше Распутина в «Яре». В середине июня в ставке Джунковский, после доклада государю о погроме в Москве, сказал, что, принимая во внимание визиты Распутина в Царское Село, «счел долгом осветить картину поведения этого человека» — и сообщил о скандале в «Яре». По его словам, царь "слушал очень внимательно, но не проронил ни одного слова… Затем протянул руку и спрашивает: «У вас это написано?» Я вынул записку из портфеля, государь взял ее, открыл письменный стол и положил. Тогда я сказал государю, что… ввиду того, что я считаю деятельность Распутина крайне опасною и полагаю, что он должен являться орудием какого-нибудь сообщества, которое хочет повлечь Россию к гибели, я просил бы разрешения государя продолжать мои обследования о деятельности Распутина и докладывать ему. На это государь сказал: «Я вам не только разрешаю, но я вас даже прошу сделать это. Но пожалуйста, чтобы все эти доклады знал я и вы — это будет между нами».
Эту просьбу царя Джунковский не выполнил. «Ах, дружок, он нечестный человек, — пишет царица мужу 22 июня, — он показал Дмитрию эту гадкую, грязную бумагу (против нашего Друга), Дмитрию, который рассказал про это Павлу и тот Але. Это такой грех, и будто бы ты сказал, что тебе надоели эти грязные истории, и желаешь, чтобы Он был строго наказан. Видишь, как он перевирает твои слова и приказания — клеветники должны быть наказаны, а не Он». Все же царица решила сама проверить доклад о «Яре» и послала в Москву флигель-адъютанта Н. П. Саблина — о результате его поездки ничего не известно.
Смена министров подняла престиж Николая Николаевича как сторонника соглашения с «общественностью» и «антираспутинца». «В ставке хотят отделаться от Него (этому я верю)», — писала царица о Распутине, но хотели отделаться уже не только от «него», но и от нее. Появились слухи, особенно в Москве, что Николаю Николаевичу необходимо предложить диктатуру или регентство, а Александру Федоровну заточить в монастырь, планы эти связывались с начальником военно-походной канцелярии государя князем В. Н. Орловым, давно уже из «преданной собаки их величеств» превратившегося в собаку кусачую.
И царица, и Распутин были встревожены — опасения, что Николай Николаевич захочет играть самостоятельную политическую роль, были у них с самого начала войны, особенно они заметны по письмам царицы с января 1915 года, где она — с постоянными ссылками на Распутина — заклинает царя не давать Николаю Николаевичу первенствовать.
В разгар отступления на Николая Николаевича напали и министры, стремясь не столько подорвать его политическую роль, сколько сузить административные права ставки. «В ставке Верховного главнокомандующего наблюдается растущая растерянность, — говорил на заседании Совета министров 16 июля 1915 года Поливанов. -…В действиях и распоряжениях не видно никакой системы, никакого плана… И вместе с тем ставка продолжает ревниво охранять свою власть и прерогативы». "Никакая страна, даже многотерпеливая Русь, не может существовать при наличии двух правительств, — сказал поддержанный другими министрами Кривошеин. -…Положение о полевом управлении составлялось в предположении, что верховным главнокомандующим будет сам император.
Тогда никаких недоразумений не возникало бы и все вопросы разрешались бы просто: вся полнота власти была бы в одних руках".
Напрашивался логический вывод, что нужно или изменить Положение, или императору стать во главе армии. «Господа, обращаю ваше внимание на необходимость с особою осторожностью касаться вопроса о ставке, — предостерегал Горемыкин. -…Императрица Александра Федоровна, как вам известно, никогда не была расположена к Николаю Николаевичу… Сейчас же она считает его единственным виновником переживаемых на фронте несчастий». На заседании 24 июля Горемыкин повторил свой совет.
Он оказался прав. На следующем заседании, 6 августа, Поливанов, начав с того, что «ставка окончательно потеряла голову», под конец воскликнул: «Как ни ужасно то, что происходит на фронте, есть еще одно гораздо более страшное событие, которое угрожает России. Я сознательно нарушу служебную тайну и данное мною слово до времени молчать. Я обязан предупредить правительство, что сегодня утром на докладе его величество объявил мне о принятом им решении устранить великого князя и лично вступить в верховное командование армией». Поднялось общее волнение, и министр внутренних дел Щербатов заметил, что до него «доходили слухи об интригах в Царском Селе», но он не думал, что все случится так быстро.