Прототип «Аэрокобры» не имел камуфляжа. Самолет был цвета натурального алюминия. Окрашенными были только киль и часть капота перед кабиной пилота, что должно избавить пилота от солнечных бликов. Дополнительно самолет нес знаки государственной принадлежности на верхних и нижних поверхностях крыльев. В соответствии с правилами, принятыми в USAAF в 1939 году, на руле направления имелись бело-красные горизонтальные полосы (Insignia White и Insignia Red #45), а также темно-синяя вертикальная полоса (Insignia Blue #47). Знаки государственной принадлежности представляли собой темно-синие круги с вписанными в них белыми звездами. Внутри звезды вписывался красный круг. Всего самолет нес четыре таких знака: по одному на верхней и нижней поверхности обоих крыльев. На нижней поверхности крыльев имелась надпись U.S. ARMY серого цвета (известны случаи, когда надпись делалась темно-синей или фиолетовой краской). Поверхность фюзеляжа от винта до кабины покрывалась матовой черной краской.
Серийные экземпляры окрашивались в соответствии с требованиями USAAF. Верхние поверхности самолета покрывались краской Dark Olive Drab (№ 41). На нижних плоскостях инструкция предусматривала использование лака Neutral Grey (№ 43). Эта схема продержалась почти весь период серийного выпуска «Аэрокобры». Исключение составляли машины, которые предназначались на экспорт в Великобританию. Позднее эти машины использовались как в США, так и в СССР. Следует иметь в виду, что из-за невысокого качества красок и лаков, они очень быстро выцветали и отшелушивались. Особенно быстро выцветала краска Dark Olive Drab, недолговечность которой вызывала резкие нарекания. Поэтому часто встречались самолеты с подновленной окраской. Во время испытаний в 1940 году самолет приходилось перекрашивать каждые два месяца. У самолетов, эксплуатируемых в более благоприятных условиях, краска держалась дольше. Тактические номера на самолетах Р-39С и D, предназначенных для USAAF, были черного (Black #44) или желтого (Identification Yellow #48) цвета. На дверцах кабины пилота часто помещались эмблемы дивизионов (Pursuit Squadron) или групп (Pursuit Group). Во время последних крупных учений в мирное время (1941 год) на территории штатов Северная и Южная Каролина, Р-39 получили знаки быстрой идентификации в виде одноцветных кругов. Круги были белого или красного цвета и наносились на бортах фюзеляжа, а также на нижней поверхности левого крыла и на верхней поверхности крыла правого.