На посту директора ФСБ Путин замял один крупный скандал и поспособствовал развитию другого крупного скандала. Речь идет о «деле Литвиненко» и о «деле Генпрокурора Скуратова». «Дело Литвиненко», напомню, заключалось в следующем: 17 ноября 1998 года состоялась пресс-конференция, на которой группа офицеров ФСБ (в том числе Трепашкин, недавно освобожденный из заключения, и Литвиненко) заявили, что руководство контрразведки ФСБ приказало им убить предпринимателя Бориса Березовского. На конференции присутствовали Литвиненко, Шебалин, Понькин, Щеглов, Латышенок – офицеры ФСБ (два подполковника, полковник, майор и старший лейтенант) и бывший следователь КГБ – сотрудник налоговой полиции М. Трепашкин. Литвиненко свидетельствует в книге «Лубянская преступная группировка»: «Нашей целью было обратиться к парламенту, президенту и общественности и рассказать, что творится в ФСБ, и что при таких спецслужбах неминуем откат к тоталитарному обществу… Но на следующий день читаю в газете, что это провокация Березовского…»
Приказ убить Березовского был отдан Литвиненко 27 декабря 1997 года Камышниковым А.П., замначальника УРПОФСБ РФ, капитаном I ранга, на оперативном совещании в присутствии других лиц. 15 апреля 1998 года Березовский обратился к замруководителя администрации Ельцина Савостьянову Е.В. с просьбой расследовать дело. 2 октября Главная военная прокуратура ответила Березовскому (документ № 29/00/0008-98): «Установлено, что руководством и сотрудниками указанного Управления в 1997-1998 годах никаких противоправных действий в отношении Вас не планировалось и не осуществлялось /…/ Что касается необдуманных высказываний Ка-мышникова А.П. в Ваш адрес, допущенных 27 декабря в присутствии подчиненных Литвиненко, Шебалина, Понькина и Латышенка, то эти высказывания дискредитируют его как руководителя, однако не свидетельствуют о намерении организовать совершение убийства». Это прокуратура пишет о человеке, сказавшем Литвиненко: «Ты знаешь Березовского – ты его и уберешь».
История началась, когда директором был Ковалев Н.Д. Когда директором стал Путин, Литвиненко по совету Березовского сходил к новому директору на прием. «Путин со всем соглашался, список оставил (коррупционный, который принес ему Литвиненко), справку про узбекскую группировку взял. Попросил домашний телефон. Обещал позвонить, но не позвонил. Позже из материалов уголовного дела мне стало ясно, что сразу после встречи Путин приказал продолжить слежку за мной», – свидетельствует А. Литвиненко в своей книге «Лубянская преступная группировка». На следующий день после назначения Путина, сообщает Литвиненко, генерал-полковник Трофимов А.В., замдиректора ФСБ, «…меня позвал и говорит: «Передай Березовскому, они что там, в Кремле, с ума посходили?! Зачем они его поставили? Они не понимают, что происходит в Питере, это же бандиты». Впоследствии Литвиненко сидел на Лубянке восемь месяцев и, наконец, бежал в Лондон.
Весной 1999 года произошел один из самых громких скандалов в современной России: «дело Скуратова», по центральным каналам была показана видеопленка, где был зафиксирован «человек, похожий на Генпрокурора» в постели с двумя проститутками. 7 апреля 1999 года Путин выступил на телевидении и сообщил, что предварительная оценка экспертов ФСБ и МВД признала видеозапись сексуальных развлечений «человека, похожего на Генпрокурора» подлинной, а в прессе («Коммерсант», 1999, 8 апреля) высказался за добровольную отставку Скуратова. Он также заявил, что «мероприятие», зафиксированное на видеопленке, оплачивалось «лицами, проходящими по уголовным делам», и заявил о необходимости объединить материалы двух уголовных дел – дела по статье 285 УК РФ («Злоупотребление служебным положением») относительно Скуратова и дела по статье 137 («О вмешательстве в частную жизнь») относительно лиц, незаконно следивших за Генпрокурором.
Казалось бы, соломоново решение мудрого и справедливого директора ФСБ. Однако если вспомнить, что устранения Генпрокурора Скуратова добивался президент Ельцин, то дело Скуратова выглядит по-иному, как «грязное» устранение неугодного большого чиновника. Неудивительно поэтому, что лица, сделавшие скандальную видеозапись, остались неизвестными, что идентичность Скуратова и «человека, похожего на Генпрокурора» не была установлена юридически. Но видеозапись имела своим результатом физическое отстранение Скуратова от должности. И. о. Генерального прокурора стал одиозный Владимир Устинов, – грозное орудие власти и лично Путина.
Во время служения директором ФСБ, продолжавшегося один год и пятнадцать дней, Путин без отрыва от производства беспрерывно назначался на всякие другие должности: был введен в состав Межведомственной комиссии по оптимизации государственного оборонного заказа, включен в состав Попечительского совета международного фонда защиты от дискриминации. И даже побывал секретарем Совета безопасности РФ. Чем он отличился на этих параллельных постах и отличился ли чем, сведений не имеется.