2 сентября 2003 года В. Путин провел встречу с В. Матвиенко как своим полпредом, несмотря на то, что та находилась в официальном отпуске именно в связи со своим участием в избирательной кампании. Обсудив с ней планы «по подъему Санкт-Петербурга», президент пожелал ей победы на выборах. Пространный сюжет об этом был показан по всем государственным телеканалам. Такая откровенная агитация высшего должностного лица за одного из кандидатов, причем явно «не оплаченная из избирательного фонда», была очевидным нарушением закона о выборах (не важно в данном случае, что сам закон, ставя такие ограничения одной из категорий граждан, видимо, не разумен). Но придворные политтехнологи убедили президента, что без него Матвиенко проигрывает, но зато с ним – однозначно выигрывает, причем, возможно, уже в первом туре.
Маркова, естественно, обвинила Матвиенку в использовании незаконных методов агитации: «Сколько стоит сняться в политическом рекламном ролике с президентом страны и показать его в федеральном эфире? Оплачен ли он из избирательного фонда депутатом?»
Маркова осмелилась обвинить в нарушении ряда положений закона даже самого Путина:
«Президент В.В. Путин безусловно выразил предпочтение в отношении кандидата Матвиенко <…> Президент распространил информацию с явным преобладанием сведений о кандидате Матвиенко в сочетании с позитивными комментариями <…> Президент совершил действия, способствующие созданию положительного отношения избирателей к кандидату Матвиенко».
Но бывший в то время председателем Центризбиркома А. Вешняков предпочел поставить в вину нарушение закона о выборах не Матвиенко или, упаси Господи, президенту, а средствам массовой информации, которые, по его мнению, просто не должны были сообщать о встрече Путина с одним из кандидатов. По мнению председателя ЦИК, если бы СМИ не растиражировали сюжет о встрече президента с одним из кандидатов, все было бы и этично, и законно.
Матвиенко, однако, могла проиграть выборы, и существовало даже три варианта такой вероятности. Вопервых, если бы Марковой удалось собрать весь прояковлевский электорат (но сам Яковлев был вынужден призвать своих сторонников голосовать за Матвиенко), а другие оппоненты Кремля согласились бы забыть «яковлевское» прошлое Марковой и поддержать ее во втором туре.
Во-вторых, большинство могло проголосовать «против всех», в особенности во втором туре, в особенности если бы все значимые кандидаты (то есть Маркова, Беляев, Амосов) призвали бы к этому. Это был, пожалуй, самый реальный вариант, учитывая психологическую невозможность для демократов голосовать за сподвижницу Яковлева.
В-третьих, выборы могли просто сорваться из-за недостаточной явки избирателей (обязательный нижний уровень – 25 %). Это тоже был реальный вариант – но только для первого тура, поскольку во втором туре обязательный нижний уровень явки не предусмотрен.
Так как Марковой, вопреки ожиданиям, удалось довольно быстро набрать рейтинг, Матвиенко попыталась снять ее с выборов старым башкирским способом. К проверке подписей за выдвижение Марковой вопреки закону было привлечено Главное управление внутренних дел (ГУВД) по Санкт-Петербургу, которое «выявило» более 25 % сомнительных подписей (несмотря на то, что первоначальная проверка рабочей комиссии горисполкома нашла только 701 недействительную подпись, что составило 9,4 % от числа отданных на проверку). Еще один кандидат в губернаторы, бизнесмен и бывший комсомольский начальник Виктор Ефимов (игравший фактически роль спарринг-партнера Матвиенко – в том числе на случай внезапного коллективного отказа других соперников от участия в выборах с целью их срыва), подал заявление в городской суд с требованием отменить регистрацию Марковой на основании справки из ГУВД о фальсификациях.
Марковой удалось доказать подлинность большей части подписей, объявленных милицией недостоверными. Однако процесс по делу о подписях завершился только за несколько дней до выборов – 18 сентября 2003 года Верховный суд оставил Маркову кандидатом на выборах. Этому решению предшествовала экспертная оценка политологов из работавшей на Матвиенко команды Глеба Павловского (Фонд эффективной политики), согласно которой, в случае снятия Марковой с выборов либо выборы срывались бы из-за явки на первый тур менее 25 % избирателей, либо же побеждала позиция «против всех» в первом или втором туре.
На протяжении всей избирательной кампании милиция регулярно задерживала агитаторов Марковой, а также распространителей газеты «Петербургская линия», которая выступала за голосование «против всех». 4 сентября 2003 года в Московском районе Санкт-Петербурга правоохранительные органы конфисковали предвыборные листовки «негативного содержания», направленные против Матвиенко. 17 сентября 2003 года генеральному директору типографии, напечатавшему агитационные материалы против Матвиенко, было предъявлено обвинение по ст. 129 части 2 УК России (клевета).