В январе в новой Думе были созданы две фракции поддержки и. о. президента – «Единство» и «Народный депутат». Две другие центристские номенклатурно-олигархические фракции – «Регионы России» и «Отечество – вся Россия» – также декларировали лояльность Путину. В этих четырех центристских пропутинских фракциях состояло более половины депутатов Думы. В период существования Думы третьего созыва твердое пропрезидентское большинство составляло в ней от 230 до 235 депутатов, почти всегда голосующих в соответствии с командами заместителя руководителя Администрации Президента Владислава Суркова «по пейджеру». Помимо поддерживающего и. о. президента думского центра практически столь же лояльной стала ЛДПР Владимира Жириновского и большая часть фракции «Союз правых сил».
Имея твердую поддержку центра, Администрация Президента без труда проводила через Думу необходимое правительству текущее законодательство, требующее абсолютного большинства в 226 голосов. В случае необходимости проведения конституционных законов, требующих квалифицированного большинства (300 голосов), администрация опиралась либо на либеральноцентристское «правопутинское» конституционное большинство (центр, ЛДПР, СПС, «Яблоко»), либо на державническое «левопутинское» большинство (центр, ЛДПР, КПРФ, прокоммунистическая Агропромышленная группа Николая Харитонова).
Эпизодически в качестве оппозиции справа («системной оппозиции») выступала фракция «Яблоко», некоторые независимые депутаты (Владимир Рыжков), а также несколько депутатов от СПС (Сергей Ковалев, Юлий Рыбаков, Сергей Юшенков, Виктор Похмелкин, Владимир Головлев). Колебания между лояльностью и оппозиционностью иногда демонстрировал Б. Немцов – что, впрочем, проявлялось скорее в риторике, чем голосованиях. В Совете Федерации второго созыва в некоторой оппозиции к Путину находился только президент Чувашии Николай Федоров.
15 февраля 2000 года Путин был зарегистрирован Центризбиркомом кандидатом на пост президента. 18 февраля он посетил в качестве кандидата Иркутск, где поддержал идеи предлагавшегося «Союзом правых сил» референдума по четырем вопросам: о необходимости расширения гарантий защиты частной собственности; об ограничении депутатской неприкосновенности; о направлении в зоны вооруженных конфликтов только военнослужащих-контрактников; об ограничении права президента немотивированно отправлять в отставку правительство. В тот же день Путин одобрил идею «запретить секс, насилие и терроризм» на телевидении.
25 февраля было опубликовано «Открытое письмо Владимира Путина к российским избирателям». Через три дня на встрече в Москве со своими доверенными лицами Путин заявил, что «крайне важно создать равные условия для всех участников политической и экономической жизни России. Надо исключить то, чтобы кто-то присосался к власти и мог использовать это для своих целей. Ни один клан, ни один олигарх не должны быть приближены к региональной и к федеральной власти. Они должны быть равно удалены от власти и пользоваться равными возможностями».
На президентских выборах Путин был официально поддержан «Единством» Б. Грызлова – С. Шойгу, НДР Виктора Черномырдина, «Отечеством» Ю. Лужкова, объединением «Вся Россия» В. Яковлева – М. Шаймиева, движением «Народный депутат» Г. Райкова, «Союзом правых сил», «Аграрной партией России» (АПР) Михаила Лапшина и рядом других организаций. Особую и неоценимую поддержку Путину оказало Общественное российское телевидение Б. Березовского.
Плохо ориентировавшийся в избирательной кампании Путин обещал всем все что мог. 2 марта на встрече с избирателями в Звездном городке он пообещал поддержать существование российской орбитальной станции «Мир», заверив, что «вопрос только в финансировании и он будет решен» (через год избранный президент Путин санкционировал ликвидацию космической станции – она была утоплена 6 марта 2001 года). 5 марта в интервью телеканалу Би-би-си Путин, в тот момент обращавшийся к западному зрителю, заявил, что не исключает возможности вступления России в НАТО (чем вызвал недоумение многих российских политических деятелей и чиновников).
20 марта во время «рабочей поездки» в Чечню совершил широко освещавшийся в СМИ перелет на боевом истребителе Су-27 в качестве второго пилота-штурмана. Понятно, что этот цирковой номер был рассчитан на поднятие популярности Путина у простых избирателей. Но поскольку толкавшие Путина в президенты люди не объяснили, зачем посадили его в военный самолет, он, отвечая на вопросы американского телеведущего Теда Каппела, растерялся и пролепетал, что на военном самолете летел ради экономии государственных средств.
И все-таки в самолет Путин сел не зря. 26 марта 2000 года он был избран президентом, получив, согласно официальным данным, 39 740 434 голоса избирателей (52,94 %).