Со временем, Иванов, благодаря усилиям своих заместителей, смог сосредоточить в Совете безопасности идеологическое управление внутренней и внешней политикой России, разрабатывая концепции и иные стратегические документы. В частности, при нем в начале 2000 года была принята новая Концепция национальной безопасности России.
Параллельно команда Путина создавала альтернативную «регионалам» вертикаль власти — Федеральные округа.
С момента своего появления в мае 2000 года формально Полномочные Представители Президента РФ в Федеральных округах были причислены к должностным лицам Администрации, и организационно-техническое обеспечение их деятельности было возложено на Главное территориальное управление Президента РФ (тогдашний руководитель ГТУ — Сергей Самойлов). В то же время, полпреды стали членами Совета безопасности РФ и стали вхожи к Президенту напрямую.
Такая ситуация порождала постоянные проблемы во взаимоотношениях полномочных представителей и профильных управлений Администрации Президента. Противоречия, по большей части, возникали исключительно из-за претензий Александра Абрамова и Сергея Самойлова командовать полпредами на основании того, что, согласно действующим тогда нормативным актам, полпреды де-юре являлись штатными сотрудниками ГТУ, а значит — прямыми подчиненными Самойлова.
Противостояние полпредов и чиновников Администрации продолжалась в течение 2000 года, и особенно обострилась осенью и зимой, когда, в ходе губернаторских выборов, позиции полпредов по поддержке кандидатов в губернаторы (особенно — Петра Латышева, Георгия Полтавченко и Сергея Кириенко), часто не совпадали с позицией Абрамова, курирующего территориальное управление.
В январе 2001 года в Кремле состоялась встреча полпредов с Президентом, в ходе которой удалось поставить вопрос о реорганизации территориального управления, что предопределило отставку Самойлова и серьезное ослабление его куратора — Абрамова. Однако, по некоторым данным, в процесс включились иные претенденты на расширение полномочий внутри Администрации, также незаинтересованные в усилении полномочных представителей, а именно — курирующий внутреннюю политику Владислав Сурков. По одной из версий, именно он смог убедить Александра Волошина не допустить упразднения территориального управления, чего добивались полпреды. Тем не менее, в соответствии с указом Президента, в Положение о Полномочных Представителях Президента 30 января 2001 года было внесено дополнение, по которому полпреды были подчинены напрямую руководителю Администрации Президента РФ.
В результате, территориальное управление было реорганизовано, часть сотрудников должна была перейти на работу в московские представительства полпредов. Новым главой ГТУ стал человек Суркова — Андрей Попов, бывший начальник Главного управления внутренней политики. Для «подкрепления» позиций Попова в теруправление перешел и его первый заместитель и профессиональный аппаратчик Бусыгин, курирующий организационные вопросы. Таким образом, Сурков отчасти сменил «завалившего участок» Абрамова, заручившись, при этом, поддержкой Волошина.