Выше уже немало говорилось о теснейших связях Ига и Кога: о том, что в древности они составляли один уезд, о том, что кланы Ига и Кога — родственные и т. д. Интересно, что и о происхождении Кога-рю и Ига-рю многие источники сообщают весьма схожие подробности. Например, возникновения Кога-рю связывают с 53 семьями, а Ига-рю — с 49 школами (по числу додзё ямабуси). Интересно, что в книге «Оми коти сиряку» смутно упоминается о существовании 49 кланов Кога и Ига, но приводятся названия лишь около 40 из них. А в главе «Об истории» книги «Кога-рю нин-дзюцу хисё» («Секретная книга по нин-дзюцу школы Кога») история нин-дзюцу начинается с некоего Эми Осидзё из Кога, потом рассказ плавно переходит на «Ига-но какухо», что буквально означает «Учение о просветлении провинции Ига», и на школу Ига-рю. Далее сообщается о действиях ниндзя из Ига на службе у Кусуноки Масасигэ. А заканчивается изложение истории нин-дзюцу утверждением, что именно Акутагава Хёбу из Кога является истинным патриархом Кога-рю. Причем тут же говорится, что Кога-рю является ответвлением от Ига-рю. Таким образом, под Ига-рю и Кога-рю понимается одна и та же традиция нин-дзюцу.
Вообще, если исследовать истоки самих терминов «Ига-рю» и «Кога-рю», выясняется, что первые упоминания о них относятся к концу XV в., то есть ко времени сражения Роккаку-сэмэ Магари-но дзин, после которого «люди из Кога и Ига» стали наниматься на службу к различным даймё в качестве шпионов и диверсантов. Вполне естественно, что их искусство стали называть по местности, откуда они были родом. Таким образом, названия «Ига-рю» и «Кога-рю» появились стихийно, а не были присвоены этим школам кем-либо из отцов-основателей. Это сильно отличает Ига-рю и Кога-рю от других японских школ военного искусства, например, Катори Синто-рю, где известен создатель, существуют тексты, зафиксировавшие определенный набор правил и наставлений и т. д.
Поэтому правомерен вопрос, когда же реально сложились школы Ига-рю и Кога-рю как особые рю нин-дзюцу. Ответить на этот вопрос очень сложно, но, скорее всего, это произошло не ранее второй половины XVI в. В этом плане показательно утверждение ряда источников, что создателем школы Кога-рю был Тодзава Хакуунсай, владелец замка Ханакума, что в провинции Сэтцу неподалеку от Осаки. Правда, в исторических документах среди владельцев замка Ханакума человека с именем Хакуунсай нет. Но известно, что князь Араки Мурасигэ, владевший провинцией Сэтцу и выстроивший замок Ханакума, активно использовал шпионов из Ига, Кога, Нэгоро, Сайга и бойцов одной из буддийских сект Монто-сю во время своей борьбы против Оды Нобунаги. Поэтому многие стали считать, что замок Ханакума был занят синоби-но моно.
Возможно даже, что Кога-рю и Ига-рю оформились лишь в середине XVII в., когда впервые появились подробные технические «каталоги»-мокуроку, в которых были зафиксированы разработанные в рамках этих традиций приемы, уловки и образцы снаряжения. Речь идет об уже упоминавшейся книге «Бансэнсюкай» и о произведении Фудзибаяси Масатакэ «Сёнинки».
Стоит подробнее остановиться и на вопросе, почему именно в Ига и Кога сложилась самая совершенная и утонченная традиция нин-дзюцу. По-видимому, это было предопределено целой совокупностью факторов. Во-первых, Ига и Кога находятся в самом сердце острова Хонсю, где зародилось и возникло японское государство. Издревле здесь проходили важнейшие дороги, связывавшие основные города — Киото, Наниву (ныне Осака) и Нагою. Причем все эти три города находились на довольно близком расстоянии от Ига и Кога (в среднем около 70 км). Уже с древнейших времен эта область была важнейшим культурным центром, и вполне естественно, что географически выгодное положение Ига и Кога позволяло тамошней знати быть в курсе всех передовых достижений науки и искусства.
Так из находящихся поблизости центров сюгэндо — священных гор Ямато, Ёсино, Кумано, Курама и других — сюда проникали сведения о методах психологической тренировки и воинском искусстве ямабуси, со священных гор эзотерического буддизма — Хиэй и Коя — методы буддийской медитации, эзотерические ритуалы, из Киото можно было позаимствовать гадательную науку онмёдо. В XVI в. из храма Ходзо-ин сюда проникает искусство боя копьем, а из поместья Ягю соседней провинции Ямато — кэн-дзюцу. Все это перемешалось в Ига и Кога, и в результате появилось загадочное искусство нин-дзюцу.
Немалую роль сыграло и то, что сюда, в соответствии с распоряжениями императоров, издревле расселялись заморские иммигранты — китайцы и корейцы, обладавшие передовыми знаниями во всех отраслях человеческой жизнедеятельности, в том числе в военном искусстве.