Начиная с периода Намбоку-тё, упоминания о действиях ниндзя то и дело появляются на страницах летописей и воинских повестей. Считается, что впервые слово «синоби» использовалось в значении «шпион» в знаменитой эпопее «Тайхэйки». В ней имеется немало упоминаний активности ниндзя. Например, в 20 свитке в главе «О поджоге [храма] Хатимана» читаем: «Одной из ночей под покровом дождя и ветра [Моронао] послал превосходного синоби на гору Хатиман-яма, и [он] поджег храм [Хатимана]».
В «Тайхэйки» сообщается и о целых отрядах синоби. Князь Миякэ Сабуро Котоку из провинции Бидзэн вместе с Хагино Хикороку Асатадой из провинции Тамба организовал заговор против сёгуна Асикага. Однако его замысел вскоре раскрылся. Верный сёгуну полководец Ямана Идзу-но Ками Токиудзу во главе войска в 3000 воинов вторгся в провинцию Тамба, захватил вражеский провиант и поймал в плен самого Асатаду. Главный заговорщик, Котоку тоже попал в крайне затруднительное положение — сюго сразу 3-х провинций — Бидзэн, Биттю и Бинго — бросили против него пятитысячную армию. Тогда Котоку бежал в Киото и разослал циркуляры по всем областям с требованиями о подкреплениях. Со всех концов страны в Киото потекли отряды самураев. В целях обеспечения скрытности сосредоточения войск, они размещались небольшими группами в городках Сакамото, Удзи, Дайго и других. Котоку назначил начальником своей разведки управляющего Киото Сиро Цудзуки нюдо. Это стало роковой ошибкой заговорщика, так как Цудзуки, получив информацию о расположении отряда синоби Котоку в городке Сидзёмибу, накануне выступления войск атаковал его во главе 200 воинов. Синоби Котоку были отважными молодцами, не знавшими страха смерти, и дорого продали свои жизни. Трое из них забрались на крышу одного из домов и расстреляли все стрелы из колчанов, а потом распороли себе животы, не пожелав сдаться на милость победителю. В итоге планы Котоку провалились, и он был наголову разбит верными сёгуну войсками.
Двенадцатилетний киллер Кумавака
В списке «Тайхэйки» храма Сайгэн-ин сообщается, что синоби Кумавака проник в покои Хоммы Сабуро и убил его. Вопли Хоммы привлекли внимание слуг, но, когда они вбежали в его покои, было уже поздно — умирающий лежал посреди комнаты в луже крови, а сам убийца словно растворился в воздухе, чем поверг в изумление всех преследователей. Этот эпизод историки нин-дзюцу считают самым ранним описанием «работы» синоби.
Однако в стандартном варианте «Тайхэйки» вся ситуация выглядит по-иному. Здесь Кумавака — уже не синоби, а двенадцатилетний сын Среднего советника Хино Сукэтомо, выступившего на стороне Годайго и казненного по приказу сторонника дома Ходзё «мирского монаха» Ямасиро-но Хоммы. Правда, и в этом варианте эпизод мести Кумаваки представляет немалый интерес: «Хоть и был Кумавака еще юн, духом был он очень отважен. Он вверил останки отца своему единственному слуге и отослал его назад в столицу со словами: „Отправляйся вперед меня на гору Коя и похорони их во внутренней обители или каком-нибудь ином подобном месте“. Сам же он остался в месте пребывания Хоммы, притворившись, что его сразила болезнь, ибо замыслил он отомстить Хомме за его бессердечие, из-за которого не смог он встретиться с родителем в этом мире.
4 или 5 дней Кумавака пробыл в постели, будто сраженный горем. Однако ночью он тайком выбрался наружу, чтобы узнать, где почивал Хомма, с мыслью: „Если будет возможность, я заколю Хомму или его сына, а потом вскрою себе живот“.
И вот наступила ночь, когда бушевал ужасный ливень и ветер, и все вассалы спали в сторожках за двором усадьбы. В эту ночь Кумавака стал незаметно красться к опочивальне Хоммы, думая: „Это как раз такой удобный момент, какого я ждал“.
Но не хранила ли судьба Хомму? Его не было в месте, где он обычно спал, и Кумавака никак не мог его отыскать. Кумавака увидел фонарь, горевший в маленькой комнате, и прокрался вовнутрь с мыслью: „Ежели внутри сын мирского монаха, я отомщу, поразив его“. Однако в одиночку спал здесь человек по имени Хомма Сабуро, как раз тот, кто отсек голову его превосходительства Среднего советника.
„Очень хорошо! — подумал Кумавака. — Его также можно счесть врагом отца, наравне с мирским монахом из Ямасиро“.
Он приготовился броситься на Хомму Сабуро, но вновь заколебался в тревоге: „Поскольку нет у меня ни короткого меча-кодати, ни длинного меча-тати, я должен завладеть его оружием. Но свет очень ярок. Не проснется ли он, когда я подберусь поближе?“.
Так думал он и стоял в смущении. Взглянув в сторону фонаря, он увидел множество ночных бабочек, льнувших к чистым раздвижным дверям (а дело было летом). Тогда он приоткрыл дверь, и насекомые роем устремились вовнутрь, быстро затушив огонь.
„Теперь у меня получится“! — обрадовался он.