Благодаря победе в битве при Сэкигахаре Токугава Иэясу смог расправиться со своими самыми могущественными врагами и в 1603 г. принял титул сёгуна и основал новый сёгунат со столицей в г. Эдо. Однако борьба была еще далека от завершения. Оставался в живых Тоётоми Хидэёри, официальный наследник Хидэёси, и многие даймё продолжали поддерживать его. Но пока в стране воцарился мир.
Мятеж Ига-гуми
Одержав убедительную победу в битве при Сэкигахаре, Токугава продолжил политику Оды и Тоётоми, направленную на искоренение всех враждебных даймё, лиг, религиозных объединений. Многие князья, сражавшиеся на стороне его врагов, были обезглавлены, совершили сэппуку или лишились своих владений. Многие группы ниндзя потеряли нанимателей и были вынуждены либо поступить на службу к сёгунату, либо заняться разбоем. Вообще положение старинных кланов ниндзя в это время было довольно сложным. Поскольку войны на время прекратились, спроса на их услуги не стало. Ниндзя лишились привычного заработка шпионским и диверсионным ремеслом. Тогда ниндзя из Ига, располагавшие огромными шпионскими сетями, стали наниматься на службу к купцам из г. Сакаи, чтобы выведывать торговые и производственные секреты у их конкурентов. С тех пор в жаргоне Ига-моно прочно утвердился термин «Сакаи-си» — «служба в Сакаи». Хотя сами ниндзя из Ига пренебрежительно относились к такой неинтересной и бесславной работе, на некоторое время она стала их единственным источником дохода. Возможно, это был первый случай в мировой практике, когда шпионы использовались в целях коммерческого шпионажа.
Намного лучше было положение синоби, поступивших на службу к сёгуну и объединенных в особые «шпионские отряды» (синоби-гуми) — Ига-гуми, Кога-гуми, Нэгоро-гуми. Отряду Кога-гуми была доверена охрана трех главных ворот замка Эдо, а отряд Ига-гуми охранял внутренние покои самого князя. По сообщениям источников, оба отряда включали приблизительно по 200 синоби, но, возможно, численность их изменялась во времени. Так в материалах проверки строительного персонала во время работ по расширению замка Эдо в июне 1636 г. содержится запись о Тодо Такацугу из города Уэно провинции Ига, в которой он назван «Начальником над 500 синоби». Отсюда мы можем заключить, что к тому времени количество солдат в Ига-гуми увеличилось до 500 человек. Что касается Нэгоро-гуми, третьего отряда синоби, то он выполнял полицейские функции в столице.
Такое большое количество синоби в столице привело к тому, что сёгунское правительство (бакуфу) было вынуждено предоставить им землю для расселения. В результате в Эдо появились кварталы Ига-тё и Кога-тё. Все воины из синоби-гуми получали солидное жалование и находились на привилегированном положении. В их функции входили сопровождение и охрана сёгуна во время парадных и ритуальных выездов.
Впрочем, неплохое денежное содержание в условиях отсутствия войн не способствовало сохранению шпионских навыков синоби, которые все больше превращались в обычных солдат-асигару. Для примера, можно сказать, что во время последовавшей через несколько лет осады замка Осака воины из синоби-гуми Токугавы не совершили никаких особых подвигов, в отличие от знаменитых невидимок из Ига и Кога, служивших Санаде Юкимуре, который сражался на стороне Тоётоми Хидэёри.
В промежутке между битвой при Сэкигахара и осадой замка Осака в 1615 г. произошло одно любопытное событие — мятеж ниндзя из Ига-гуми. Дело было так. Хаттори Хандзо Ивами-но Ками Масанари, наследник знаменитого дзёнина Хаттори Хандзо, возглавивший Ига-гуми после смерти своего отца, оказался весьма буйным и своенравным человеком. Не прошло и 10 лет со дня смерти Хандзо, как Масанари из-за своего недостойного поведения попал в немилость к сёгуну и был отдан на поруки дедушке по материнской линии Мацудайре Садакацу. Но беспокойный синоби не угомонился и уже на следующий год учинил большой скандал. Он жестоко притеснял синоби Ига-гуми и эксплуатировал их словно прислугу. Например, во время строительства собственного дома он заставлял их выполнять различные хозяйственные работы, начиная со штукатурки и кончая рубкой леса. А если кто-то из солдат не подчинялся его приказам, Масанари уменьшал им жалование. Тогда 200 синоби, возмущенные таким обращением, послали тайный донос Главному управляющему. Вооружившись луками и ружьями, они затворились в храме и отказались повиноваться. Однако бакуфу арестовало и приговорило к смертной казни десятерых предводителей стражников. Жены и дети тех, кто сумел бежать, были взяты в качестве заложников. Были и такие, кто явился с повинной или совершил харакири. Судьба еще двух солдат осталась неизвестной.