По прибытии на Кубу 19 июля оперативные группы полков почти в сто человек сразу же приступили к выбору позиционных районов для боевых стартов, привязке мест установки пусковых столов ракет на местности с учетом западной системы координат, инженерной подготовке трасс движения транспортов ракетной техники. Для увеличения радиуса досягаемости объектов ракетами Р-12 на территории Соединенных Штатов выбор районов размещения стартовых позиций производился в западной и центральной частях Кубы.
Позиционные районы выбирались исходя из условий незатопляемости их во время тропических ливней, надежной маскировки на местности, штатного расположения наземного оборудования на боевой позиции, гарантированного преодоления мостов и рек тяжелой ракетной техникой. Таких мостов в выбранных районах имелось совершенно недостаточно. Поэтому силами инженерных частей Группы советских войск и кубинских подразделений бульдозерами и грейдерами срезались берега с обеих сторон реки, а дно засыпалось гравием и заливалось цементом. Получался, скрытый от глаз противника переливной мост. Особое внимание уделялось также наличию вблизи достаточных питьевых источников.
Было обследовано свыше сотни районов территории общей площадью шестьсот двадцать квадратных километров, из которых только четыре удовлетворяли предъявляемым требованиям. В середине последней декады июля районы расположения ракетных полков изучались с воздуха инспекторской группой генерала Гарбуза, все их облетевшей на вертолете.
Полк Бандиловского базировался в десяти километрах севернее Лос-Паласьоса. Для полка Коваленко был выбран район Гуанахай на плато Эсперон. Полк Сидорова располагался вблизи Ситьесито и Калабазар-де-Сагуа. Для полка Соловьева подошел район Санта Круус-де-Лос-Пинос и Канделария. Отдельный дивизион майора Алексеева должен был занять позиции вблизи Ремедиоса и Силуэты. Для размещения личного состава ракетной дивизии предусматривалось строительство палаточных городков.
Для выгрузки частей были назначены небольшие порты: Мариель — для полков Бандиловского, Соловьева и Коваленко; Касильда — для полка Сидорова и дивизиона Алексеева; Матансас — для управления дивизии. Для выгрузки ракет намечались порты Мариель и Касильда.
«Специалисты сельского хозяйства» — так формулировалась общая легенда для переброски советской группировки войск на Кубу. Частной легендой для строительства комплекса ракет Р-14 на плато Эсперон являлось «строительство учебного центра советскими военными специалистами для кубинской армии». Геодезические группы передвигались на кубинских машинах, в военной форме кубинской армии. Их охрана обеспечивалась исключительно подразделениями разведывательного батальона из личной охраны Фиделя Кастро.
Цель проводимых работ содержалась в строжайшей тайне. О прибытии на Кубу ракетной дивизии вначале знали только трое — Фидель и Рауль Кастро, а также начальник разведывательного управления Генштаба Педро Луис.
С середины июня началась подготовка ракетных частей к передислокации по железной дороге в порты погрузки и морской транспортировке на Кубу. Особое внимание обращалось на скрытность операции.
Исключительной особенностью морально-психологической подготовки было то, что ее нельзя было вести с личным составом частей заранее. Это было невозможно из-за чрезвычайной секретности целей, задач и места их выполнения. Поэтому на первом этапе политическая работа проводилась, как обычно, включая воспитание патриотизма, верности воинскому долгу, исполнительности и высокой дисциплинированности.
При комплектовании подразделений около пятнадцати процентов личного состава отсеивалось по морально-политическим и психологическим качествам, по болезни или по требованию особых органов. Это потребовало дополнительных усилий по боевому сколачиванию большинства подразделений. Нужно было позаботиться, чтобы новички не отторгались коллективами и не произошло снижения уровня общей профессиональной слаженности. В подразделениях проводились «технические бои», коллективные аттестации. Они помогали знакомить коллективы с прибывшей заменой, а новичков — с традициями частей, быстрее налаживать психологический контакт на время учебно-боевых тренировок.
В обычном ритме продолжалась подготовка к важнейшей операции в дивизионе майора Алексеева. До конца июня из состава боевых расчетов стартовых батарей Стурова и Сильницкого выбыло всего семь человек, из которых пятеро — по состоянию здоровья. Полковник Корнеев распорядился заменить их равноценными номерами из дивизиона капитана Рунова.