Князья Шуйские были отправлены в ссылку в свои вотчины. Но в начале 1587 года Борис Годунов приказал взять под стражу Шуйских. Князя Ивана Петровича Шуйского схватили по дороге, когда он ехал в свою суздальскую вотчину. Иван Петрович под караулом был отправлен на Белоозеро. Там его постригли в монахи под именем Иова. 16 ноября 1588 года старец Иов преставился, причем недруги Годунова утверждали, что его удавили по приказу Бориса. Пока ни современникам, ни историкам не приходило в голову обвинить Бориса в глупости или патологической жестокости. Так зачем же ему понадобилось убивать весьма популярного в народе человека, героя обороны Пскова, который, став монахом, уже не мог участвовать в политической борьбе, даже если бы ему удалось бежать из монастыря?
Князь Андрей Иванович Шуйский был отправлен в Каргополь, где через полгода скончался при невыясненных обстоятельствах. Естественно, и его смерть приписали козням Бориса.
В города Галич и Шую были сосланы братья Василий, Дмитрий, Александр и Иван Ивановичи Шуйские. Опалы непосредственно не затронули В. Ф. Скопина-Шуйского, который находился «на жаловании в Каргополе» и не принимал участия в мятеже 1586 года.
По отдаленным городам были разосланы и сторонники Шуйских. Так, князя И. А. Татева сослали в Астрахань, И. Ф. Крюк-Колычева — в Нижний Новгород и т. д. На время из столицы был удален и свояк Шуйских князь Д. А. Ногтев-Суздальский. Его ссылка была почетной — он стал воеводой в Свияжске.
Сторонник Шуйских боярин Ф. В. Шереметев не подвергся опале вместе с Шуйскими и сохранил боярский чин. Но в 1589–1590 годах, видимо, не без связи с делом Шуйских он был вынужден постричься в монахи.
Разгромив клан Шуйских, Борис дал ясно понять князьям Рюриковичам, что им и их сторонникам нечего и мечтать о престоле.
Управление Россией из коллегиального, как это было в 1584–1585 годах, постепенно переходит в единоличное правление Бориса Годунова. Естественно, это сказывается и на богатстве рода Годуновых. В 1584–1586 годах царь Федор жалует Борису и его родне десять вотчин. Отметим лишь пожалование в 1586 году Бориса большой северной волостью Вага.
Англичанин Горсей писал в 1589 году, что годовой доход Годуновых составляет 175 тысяч рублей, и они могли выставить в поле сто тысяч воинов. Цифры эти несколько преувеличены, но они показывают, по крайней мере, порядок богатства Годуновых.
Еще в 1586 году Борису Годунову пришла в голову мысль учредить патриаршество на Руси. Не будем спорить, чего больше хотел достичь Борис — величия России или усиления своей власти. С началом царствования Федора Борис не разделяет свои интересы с интересами России. Позднейшие историки, в значительной своей части настроенные враждебно к Годунову, не найдут ни одного поступка боярина, а затем и царя Бориса, совершенного в личных целях и шедшего вразрез с интересами государства.
Как известно, Русь приняла крещение от Византии. Главой Православной церкви был константинопольский патриарх. Русская митрополия первые три века своего существования рассматривалась в Константинополе как второстепенная периферийная епархия. Флорентийская уния 1438 года (попытка объединения с католиками) и взятие в 1453 году Константинополя турками необратимо подорвали авторитет константинопольского патриарха. Одновременно Московское княжество стало мощным государством. Греческая церковь превратилась в иждивенку Москвы. В такой ситуации вполне понятно желание Москвы иметь своего патриарха рядом с единственным тогда православным государем — Царем всея Руси.