Историк Скрынников полагает, что «Захарьины пытались использовать свое влияние на наследника, чтобы таким путем хоть немного образумить царя и положить предел чудовищному опричному террору»[21].
Отношения старшего и младшего Иванов явно не ладились. Царь неоднократно избивал сына. В свою очередь сын рос злым и непокорным. Дело зашло столь далеко, что в июне 1570 года царь публично объявил о своем намерении лишить сына прав на престол, а своим наследником сделать «ливонского короля» Мангуса. Во время официального приема в Кремле царь в присутствии земской Боярской думы и иностранных послов обратился к Магнусу со словами: «Любезный брат, ввиду доверия, питаемого ко мне вами и немецким народом, и преданности моей последнему (ибо я сам немецкого происхождения и саксонской крови), несмотря на то, что я имею двух сыновей — одного семнадцати и другого тринадцати лет, ваша светлость, когда меня не станет, будет моим наследником и государем моей страны, и я так искореню и принижу моих неверных подданных, что попру их ногами»[22].
Информация о конфликтах царя с наследником поступила даже в Польшу, пусть в искаженном и сильно преувеличенном виде. 3 января 1571 года папский нунций Портико направил из Варшавы в Рим письмо, где было сказано, что русские послы приедут в Польшу с опозданием из-за распрей между царем и наследником, эпидемии чумы и других причин. «Между отцом и старшим сыном возникло величайшее разногласие и разрыв, и многие пользующиеся авторитетом знатные люди с благосклонностью относятся к отцу, а многие — к сыну, и сила в оружии».
О ссорах царя и сына говорили не только при дворе, но и по всей стране, что, кстати, нашло отражение и в народном фольклоре. По Руси ходило несколько вариантов песни[23]. Суть всех вариантов такова: царь Иван Васильевич вывел измену из Пскова и из Новгорода и задумался над тем, «как бы вывести измену из каменной Москвы». Но тут «взговорит Малюта злодей Скурлатович». «Ах ты гой еси, царь Иван Васильевич! Не вывесть тебе изменушки до веку: сидит супротивник супротив тебя…». Малюта оклеветал царевича Ивана Ивановича. Грозный поверил навету и велел казнить сына. Но тут за наследника вступился его дядя боярин Никита Романович: «Ты Малюта, Малюта Скурлатович! Не за свой ты кус примаешься, ты етим кусом подавишься». Благодаря заступничеству Захарьина царевич был спасен. В песне конфликт царя с царевичем имел «хеппи энд», в жизни же все случилось иначе.
Как уже говорилось, опричники выбили из опальных новгородцев показания на бояр Василия Михайловича Захарьина-Юрьева и Семена Васильевича Захарьина-Яковлева. Семен Васильевич был объявлен сообщником новгородского архиепископа Пимена в земской думе и отправлен в почетную ссылку на воеводство в Смоленск.
По неведомым причинам вспышку гнева царя вызвали «преступления» боярина Василия Михайловича Захарьина-Юрьева. К великому сожалению царя Василий Михайлович умер еще в 1567 году. Поэтому царь выместил гнев на членах его семьи. В начале весны 1571 года он приказал убить дочь Василия Михайловича вместе с новорожденным сыном. Царь запретил хоронить убитых и приказал бросить их тела на дворе супруги убитого князя Михаила Темрюковича Черкасского. Сам же князь Черкасский, как уже говорилось, был убит опричниками в мае 1571 года во время набега хана Девлета Гирея.
В этой ситуации непонятно, почему Иван IV убил дочь и внука боярина Василия Михаиловича, но пощадил его трех сыновей Протасия, Федора и Ивана. Известно лишь, что Про-тасий выслужился из рынд при дворе царевича Ивана, а казнен он был лишь 24 октября 1576 года, то есть спустя 5 лет. По ряду дореволюционных источников и монастырских архивов средний и младший сыновья Василия Михайловича Федор и Иван погибли 24 мая 1571 года во время пожара в Москве в ходе набега Девлет Гирея. Кстати, во время этого пожара погибли и сыновья боярина Данилы Романовича Захарьина Иван и Федор.
По мнению автора, вероятнее всего Иван Грозный убил Федора и Ивана Захарьиных-Михайловых, а потом монахи и историки для приличия списали их смерть на Девлет Гирея, а может, их просто спутали с Иваном и Федором Захарьиными-Романовыми.
В конце 1570 года в ходе осады Ревеля в командовании московского войска возник конфликт между «ливонским королем» Магнусом и главным воеводой Иваном Петровичем Захарьиным-Яковлевым и воеводой В. И. Умным. Магнус наябедничал царю, и тот послал опричников, которые 6 января 1571 года арестовали обоих воевод.
Несколько месяцев боярин Иван Петрович Захарьин-Яковлев находился в заточении. После московского пожара был арестован боярин Василий Петрович Захарьин-Яковлев. Что инкриминировалось Василию Петровичу — не ясно. То ли он согрешил, будучи дворецким у царевича Ивана Ивановича, то ли плохо командовал опричным сторожевым полком во время похода Девлет Гирея. Обоих братьев Захарьиных-Яковлевых царь приказал забить насмерть палками.
Приблизительно в это же время опричники убили боярина Семена Васильевича Захарьина-Яковлева и его малолетнего сына Никиту.