Как видим, с землевладельцами и купцами московские наместники разобрались сравнительно быстро. Новгородское же духовенство оказалось более крепким орешком. Новгород принял крещение одновременно с Киевом. Новгород не испытал татарских набегов, благодаря чему там сохранилось в неприкосновенности рукописное наследие древней Руси. Тесные связи Новгорода с Западной Европой сказались на уровне знаний духовенства, как писал историк Скрынников: «Так называемая Геннадиевская библия засвидетельствовала этот факт с полной очевидностью. В конце XV века книжники и писцы Софийского дома, возглавляемого в то время Геннадием, составили первый полный свод библейских славянских книг, включавший множество книг кирилло-мефодиевского, болгарского и восточнославянского происхождения. Состав библии дал основание филологу А. А. Алексееву заключить, что в XV веке Новгород обладал, по всей вероятности, самым большим собранием рукописей во всем тогдашнем славянском мире. Ни один из кодексов XIV–XVI веков не давал такого подбора библейских текстов, как Геннадиевская библия. За несколько веков самостоятельного существования республики в православии новгородского толка появились черты, отличавшие его от московского. Новгородцы поклонялись своим чудотворцам и угодникам, крестились иначе, чем москвичи»[7].
Новому архиепископу Геннадию и прибывшим с ним попам было трудно управлять куда более образованным новгородским духовенством. К тому же в Новгороде знали о деньгах, данных Геннадием великому князю. Старец Захарий в лицо заявил Геннадию: «Попы, ден, по мзде ставлены, и митрополиты, ден, и владки по мзде же ставлены». В такой ситуации власть Геннадия могла зиждиться только на репрессиях, и они не замедлили последовать.
Архиепископ Геннадий обвинил ряд священников и монахов в ереси. Вначале сам Геннадий заявил, что он подслушал разговор двух вдрызг пьяных попов Григория и Ереса, а также дьяка Григория, в котором они ругали «святые иконы». «Еретиков» арестовали, но позже они были кем-то взяты на поруки и бежали в Москву.
Но одной пьяной болтовни было мало для большого процесса о еретиках. И вот появляется провокатор — новгородский поп Наум. Он покаялся, что вместе с беглецами молился «по жидовскы» и прельщал христиан «жидовским десятисловием».
Беглых попов и дьяка Гридю (Григория) вернули в Новгород и на торгу били кнутами. Однако этого Геннадию показалось мало, он стал готовить новый процесс. Начались жестокие пытки новгородского духовенства. Новгородские наместники Захарьевичи деятельно помогали Геннадию в борьбе с его недругами-новгородцами, объявленными еретиками. Они лично участвовали в допросах и пытках заподозренных новгородцев.
Суд над новгородскими еретиками Иван III решил провести в Москве. Познания новгородцев в богословии явно превосходили познания их обвинителей. Поэтому Геннадий Гон-зов откровенно сказал судьям: «Да еще люди у нас простые, не умеют по обычным книгам говорити: таки бы о вере никаких речей с ними не плодили; токмо того для учинити собор, что их [еретиков] казнити — жечи да вешати». То есть следовало заставить обвиняемых молчать и быстро приговорить их к смерти.
Суд над еретиками происходил в Кремлевском дворце в присутствии Ивана III и Боярской думы. Обвиняемые защищались очень грамотно и все время подчеркивали свою приверженность к православию. В результате Иван III отклонил требования Геннадия и К° «жечи да вешати». Часть подсудимых была освобождена, остальные приговорены к различным наказаниям. С монаха Захария содрали иноческое платье и выдали епископу Нифонту, «а Дениса попа поточиша в Галич». Содержали их в таких нечеловеческих условиях, что Денис лишился рассудка, заблеял козлом и умер после месячного заточения.
Протопопа Софийского собора Гавриила, дьяка Гридю и других новгородцев отправили на расправу на родину. В Новгороде Геннадий и братья Кошкины устроили аутодафе в лучших традициях Торквемады. Еретиков облачили в вывороченные наизнанку одежды. На головы им надели высокие берестяные остроконечные колпаки с мочальными кистями и соломенными венками. На берестяных колпаках были нарисованы черти и написано «се есть сатаны воинство». В таком виде еретиков сажали на лошадей лицом к хвосту и возили по городу. Аутодафе закончилось сожжением колпаков на головах у осужденных. Интересно, сам ли архиепископ Геннадий вкупе с братьями Захарьевичами придумал сей ритуал или они получили какую-то информацию с Запада, где тогда проводили аналогичные мероприятия?