Итак, Филарет отправился в Углич. Его сопровождали астраханский архиепископ Феодосий, бояре Иван Воротынский и Петр Шереметев, брат инокини Марфы Григорий и племянник Андрей Нагие. А в воскресенье, 25 мая, в Москве начался бунт. По официальной версии, царь шел к обедне и внезапно увидел большую толпу, идущую ко дворцу. Толпа была настроена агрессивно, слышались оскорбительные выкрики по адресу Шуйского. Как писал очевидец Ж. Маржарет, если бы Шуйский продолжал идти к храму, то его ждала бы та же участь, что и Димитрия. Но царь Василий быстро ретировался во дворец. Там он с плачем обратился к окружившим его боярам, что нет нужды затевать бунт, что если хотят от него избавиться, то, избрав его царем, могут и низложить его, если он им неугоден, и что он оставит престол без сопротивления. Потом, отдав боярам царский посох и шапку Мономаха, Шуйский продолжал: «Если так, выбирайте, кого хотите». Бояре растерялись, и никто не решился дотронуться до царских регалий. Растерянность можно объяснить и тем, что среди присутствующих бояр не было кандидата на престол, который в тот момент занимался гробокопательством в Угличе.
Так или иначе, но бояре безмолвствовали. Тогда царь Василий поднял посох, одел шапку и приказал наказать виновных. Возражать ему никто не посмел. Стрельцы разогнали толпу, схватив пятерых крикунов. Их объявили зачинщиками и подвергли казни на торговой площади — нещадно выдрали кнутом. Учинить расправу над самими заговорщиками царю помешала Боярская дума, и Шуйскому пришлось ограничиться полумерами. Было официально объявлено, что князь Ф. И. Мстиславский ни в чем не виноват, а виноваты его родные, которые хотели воспользоваться его именем. Одним из главных виновников был назван боярин Петр Никитич Шереметев, хотя он в день бунта находился в Угличе вместе с Филаретом. Шереметеву было запрещено Возвращаться в Москву, его послали в Псков воеводой. М. Ф. Нагой был лишен звания конюшего, но оставлен в Москве. Племянник Филарета (по сестре Марфе) князь Иван Черкасский был лишен звания кравчего. Досталось даже бедняге Симеону Бекбулатовичу. В Кириллов монастырь, где содержался Симеон (монах Стефан), приехал царский пристав Федор Супонев с грамотой царя Василия от 29 мая, в которой приказывалось игумену выдать «старца Стефана» приставу, который должен был отвезти старца «где ему велено». Супонев увез бедолагу татарина в Соловецкий монастырь.
Попытка переворота заставила Шуйского поспешить с венчанием на царство. 1 июня 1606 года Василий Шуйский венчался на царство в Архангельском соборе. С. М. Соловьев так характеризует Шуйского: «Новый царь был маленький старик лет за 50 с лишком, очень некрасивый, с подслеповатыми глазами, начитанный, очень умный и очень скупой, любил только тех, которые шептали ему в уши доносы, и сильно верил чародейству».
За неимением патриарха (Филарет был в Угличе, а Гермоген еще не приехал из Казани) в соборе священнодействовал новгородский митрополит Исидор, а помогал ему Пафнутий. Исидор надел на царя крест святого Петра, возложил на него бармы и царский венец, вручил скипетр и державу. При выходе из собора царя Василия по традиции осыпали золотыми монетами.
А между тем патриарх Филарет обрел мощи царевича Димитрия. При вскрытии могилы Димитрия по собору распространилось «необычайное благовоние». Мощи царевича оказались нетленными — в гробу лежал свежий труп ребенка. В руке его была зажата горсть орехов, что должно было показать, что никакого приступа эпилепсии во время игры с ножом не было. Ребенок тихо и мирно грыз орехи, и в этот момент на него напали злодеи.
Шоу в Преображенском соборе убедило далеко не всех. Пошли слухи, что Филарет купил у стрельца сына, которого зарезали, а затем положили в гроб вместо останков царевича. Стрельцова сына звали Романом.
Торжественная процессия с нетленными мощами Димитрия медленно двинулась к Москве. 3 июля вблизи села Тайнинского состоялась встреча процессии с царем Василием и боярами, которые шли пешком, чтобы встретить за городом мощи настоящего сына Ивана Грозного. За царем и боярами следовало духовенство и толпы горожан. Затем произошла сцена, достойная кисти самого великого художника. Гроб был открыт, и инокиня Марфа увидела… свежий труп. Бывшая царица должна была опознать своего сына, как она год назад «опознала» живого Димитрия на том же самом месте. Марфа, видавшая виды, тут от ужаса не сумела произнести ни слова. Теперь ей придется плакать над гробом чужого ребенка, а прах ее единственного сына выброшен и уничтожен.
Спасая положение, царь сам подошел к гробу, опознал царевича и повелел гроб закрыть. Процессия торжественно проследовала к Москве. Гроб с телом «царевича» несколько часов стоял на Лобном месте на Красной площади, а затем был перенесен в Архангельский собор, причем царь Василий поддерживал носилки с гробом.